关于机器打井与天然水源距离5米是否合法的问题，不能一概而论，需结合具体情况及相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律法规层面
水资源保护相关法规：
- 根据《中华人民共和国水法》及相关地方性法规，打井取水需遵守水资源保护的相关规定，包括取水许可、水资源论证、节水措施等。然而，这些法规主要关注的是取水的合法性、水资源的管理和保护，并未直接规定打井与天然水源的具体距离。
- 若打井行为可能影响到天然水源的水质、水量或生态环境，则可能违反水资源保护的相关规定，需要承担相应的法律责任。但这种情况下的违法性并非基于距离本身，而是基于打井行为对天然水源造成的实际影响。
地下水资源管理规定：
- 地下水资源的管理通常涉及地下水开采量、开采层位、开采方式等方面的限制。若打井行为违反了这些规定，如超量开采、在禁止开采区开采等，则可能构成违法。
- 同样，这些规定也并未直接规定打井与天然水源的具体距离，而是关注打井行为对地下水资源的影响。
相邻关系与土地使用权：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。
- 若打井行为对相邻的天然水源使用权人造成损害，如导致水源枯竭、水质恶化等，则可能构成侵权，需要承担民事赔偿责任。但这种情况下的违法性是基于打井行为对相邻权利人造成的实际损害，而非单纯基于距离。
二、实际操作层面
地方性规定与标准：
- 不同地区可能根据当地的水资源状况、地质条件等因素，制定了关于打井与天然水源距离的具体规定或标准。这些规定或标准可能因地区而异，且可能随着时间和情况的变化而调整。
- 因此，在判断机器打井与天然水源距离5米是否合法时，需要查阅当地的相关规定或标准。若当地有明确规定且该距离违反了规定，则可能构成违法。
环境影响评估：
- 在进行打井活动前，通常需要进行环境影响评估，以评估打井行为对周围环境（包括天然水源）的影响。若评估结果显示打井行为可能对天然水源造成不利影响，则可能需要采取相应的措施来减轻或避免这种影响。
- 若未进行环境影响评估或评估结果未得到妥善处理而擅自打井，且该行为对天然水源造成了实际损害，则可能构成违法。
三、建议与结论
建议：
- 在进行机器打井活动前，建议先了解当地关于打井与天然水源距离的相关规定或标准。
- 若当地有明确规定，应确保打井位置符合规定要求；若当地无明确规定，则应进行环境影响评估，并采取必要的措施来减轻或避免对天然水源的影响。
结论：
- 机器打井与天然水源距离5米是否合法，需结合当地的具体规定或标准、环境影响评估结果以及打井行为对天然水源的实际影响等因素进行综合判断。
- 若您对此问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。