公司以微信转账方式发工资并不直接违法，但可能存在不符合相关法规要求及潜在风险的情况。以下从多个角度为您详细分析：
一、法律层面分析
合法性基础：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。此处的“货币形式”并未明确排除电子支付手段，微信转账作为电子支付的一种，其背后结算的仍然是人民币，因此从支付介质上来说，通过微信发工资并不违反以法定货币支付工资的要求。
- 同时，《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。只要用人单位与员工协商一致，且确保足额、及时支付，微信转账这种支付方式在法律上是被允许的。
合规性要求：
- 工资支付需通过正规渠道进行，确保可追溯性和安全性。微信转账虽便捷，但缺乏银行流水等正式记录，可能影响劳动纠纷中的证据效力。例如，在劳动仲裁或诉讼中，微信转账记录可能面临取证困难的问题，其法律效力相对较弱，难以证明该笔转账是工资及其具体构成、支付周期等关键信息。
- 企业应遵守《工资支付暂行规定》，采用符合规定的支付方式（如银行代发），并保留完整支付记录至少两年备查。若使用微信转账，应确保转账记录的清晰、完整和可查询性，并在转账时明确备注“工资”及对应月份等信息，以便在必要时作为证据使用。
二、实际操作风险
税务监管问题：
- 微信转账难以直接关联企业账户，可能导致个人所得税申报与实际收入不符，引发税务风险。例如，企业可能利用微信转账等隐蔽方式逃避税收申报和缴纳义务，如代扣代缴个人所得税等，这将面临税务部门的处罚。
- 因此，企业应确保按照税法规定代扣代缴个人所得税，并及时向税务机关报送相关纳税资料，避免因税务问题引发的法律风险。
劳动关系认定争议：
- 非正规支付方式可能模糊雇佣关系边界，例如在劳务外包或临时工场景中，影响工伤赔偿、社保缴纳等权益归属。微信支付可能导致工资收入数据不透明，从而降低社保缴费基数，损害员工社保权益。
- 企业应确保所有工资收入都透明化，并依法为员工缴纳社保费用，保障员工的社保权益。
资金安全风险：
- 个人微信账户无企业账户的资金托管功能，可能出现款项被挪用、延迟到账等问题。同时，电子支付平台的技术故障或网络攻击也可能造成工资发放中断。
- 企业应加强微信账户的安全管理，定期更换密码，绑定安全手机等，确保资金安全。
三、建议措施
优先采用银行代发：
- 通过企业对公账户直接转账至员工银行卡，既符合监管要求，又能自动生成可查询的流水记录，降低法律风险。
补充书面协议：
- 若确需使用微信转账，应与员工签订书面协议明确支付方式及双方权利义务，降低法律风险。协议中应明确微信转账作为工资支付方式的具体操作流程、转账时间、转账金额等关键信息。
强化财务管理：
- 建立完整的工资支付台账，保存微信转账凭证、聊天记录等证据材料，定期与员工核对账目。同时，考虑与银行转账记录相结合，以增强证据的法律效力。
总结来说，虽然公司以微信转账方式发工资并不直接违法，但为确保合法合规并保障双方权益，建议用人单位优先考虑使用银行转账等更为正式、安全的支付方式。如果确实需要使用微信支付等其他方式支付工资，也应建立完善的管理制度和流程来确保资金安全、证据留存、税务合规以及高效管理等方面的要求得到满足。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。