当两轮电动自行车与汽车发生交通事故，且汽车车主承担次要责任时，理赔过程需遵循一系列明确的步骤和原则。以下是一个详细、清晰的理赔指南：

一、责任划分与赔偿原则

1. 责任划分：

   • 交警部门会根据事故现场情况、双方行为对事故发生的作用以及过错的严重程度，出具交通事故责任认定书，明确电动自行车和汽车各自的责任比例。
   • 在此情况下，若电动自行车承担主要责任，则其过错行为对事故的发生起到了较大作用；汽车承担次要责任，表示其也存在一定的过错，但程度较轻。

2. 赔偿原则：

   • 按照各自过错的比例分担责任，即电动自行车方应承担大部分赔偿责任，汽车方承担小部分赔偿责任。
   • 赔偿范围包括人身损害赔偿（如医疗费、误工费、护理费、交通费等）和财产损失赔偿（如车辆维修费、物品损失等）。

二、赔偿流程

1. 协商处理：

   • 事故发生后，双方应首先尝试通过友好协商解决赔偿事宜。
   • 可以就赔偿金额、支付方式等达成一致意见，并签订书面协议，以明确双方的权利和义务。

2. 保险理赔：

   • 报案：如果汽车投保了交强险和商业险，应及时向保险公司报案，并提供事故责任认定书、相关医疗记录和费用单据等证据材料。
   • 交强险赔付：在交强险责任限额内，不区分主次责任，由汽车方的保险公司全额赔偿电动自行车方的损失（如医疗费用、财产损失等，但需注意交强险的赔偿限额）。
   • 商业险赔付：超出交强险赔偿限额的部分，按照汽车方承担的次要责任比例，由商业险进行赔付。若电动自行车方也有保险（如某些地区的电动自行车保险），其保险公司也可能在相应责任范围内进行赔付。
   • 扣除电动车方应承担部分：由于电动自行车方承担主要责任，汽车方的保险公司在赔偿时可能会要求扣除电动自行车方应承担的部分。

3. 法律途径：

   • 如果协商不成或保险公司拒赔，受损方（如电动自行车方）可以向人民法院提起诉讼。
   • 法院将根据事故责任认定书、医疗记录、财产损失评估报告等证据材料，判决双方按照责任比例承担赔偿责任。

三、具体赔偿项目与计算方式

1. 人身损害赔偿：

   • 医疗费：根据医疗机构出具的医药费、住院费等收款凭证，结合病历和诊断证明等相关证据确定。
   • 误工费：根据受害人的误工时间和收入状况确定。误工时间由医疗机构出具的证明确定，收入状况则根据受害人最近三年的平均收入计算（或参照当地相同行业平均工资）。
   • 护理费：根据护理人员的收入状况和护理人数、护理期限确定。护理人员有收入的，参照误工费的规定计算；护理人员没有收入或者雇佣护工的，参照当地护工从事同等级别护理的劳务报酬标准计算。
   • 交通费：根据受害人及其必要的陪护人员因就医或者转院治疗实际发生的费用计算，以正式票据为凭。
   • 其他费用如营养费、残疾赔偿金（若造成伤残）、精神损害抚慰金等，也可根据实际情况主张。

2. 财产损失赔偿：

   • 车辆维修费：根据维修发票和维修清单确定电动自行车的维修费用。
   • 物品损失：如有物品在事故中损坏，需提供相关证明和估价。

四、注意事项

1. 保留证据：

   • 事故发生后，应及时拍照、录像，保留现场证据。
   • 收集并保存好所有与事故相关的医疗记录、费用单据、维修发票等证据材料。

2. 及时报案：

   • 向交警部门和保险公司及时报案，以便后续处理。

3. 了解保险条款：

   • 在购买保险时，应仔细阅读保险条款，了解保险责任和免责范围。

4. 法律咨询：

   • 如对赔偿事宜有疑问或争议，可咨询专业律师或法律援助机构，以获取更专业的法律建议。

综上所述，当两轮电动自行车与汽车发生交通事故且汽车车主承担次要责任时，理赔过程需明确责任比例、准确计算损失、合理利用保险赔付，并通过协商或诉讼解决分歧。在整个过程中，保留证据和遵守法律是至关重要的。