用不合法手段获取的药品经营许可证不可以进行股权转让。以下从多个角度进行分析：

法律合规性角度

1. 许可证的合法性基础：药品经营许可证是药品经营企业合法开展经营活动的必备证件，其获取必须严格遵守国家法律法规和行政许可程序。用不合法手段获取的药品经营许可证，自始无效，不具备法律上的效力。

2. 股权转让的合法性要求：股权转让是股东之间或股东与他人之间就公司股权进行转让的行为。进行股权转让的前提是转让方必须合法拥有所转让的股权，且该股权对应的公司资产和经营行为必须合法合规。如果药品经营许可证是通过不合法手段获取的，那么基于该许可证所开展的经营活动也是违法的，进而影响到股权的合法性和转让的合法性。

法律后果角度

1. 行政处罚：对于用不合法手段获取药品经营许可证的行为，相关行政机关有权依法进行查处，包括撤销许可证、罚款、没收违法所得等行政处罚。如果在此情况下进行股权转让，不仅可能面临行政处罚，还可能因转让行为本身的不合法性而引发更多的法律纠纷。

2. 刑事责任：如果用不合法手段获取药品经营许可证的行为构成犯罪，如伪造、变造国家机关证件罪等，那么相关责任人将面临刑事责任的追究。在此情况下进行股权转让，不仅可能使转让方和受让方都卷入刑事案件，还可能对公司的声誉和经营造成严重影响。

实际操作角度

1. 尽职调查：在进行股权转让时，受让方通常会进行尽职调查，以了解转让方的公司资产、经营行为、法律合规性等方面的情况。如果发现药品经营许可证是通过不合法手段获取的，受让方很可能会因此放弃交易或要求转让方承担违约责任。

2. 合同效力：即使双方签订了股权转让合同，如果合同内容或履行过程中存在违法情形，如转让的股权基于不合法的药品经营许可证，那么该合同也可能被认定为无效或可撤销。这将导致转让方和受让方都面临法律风险和经济损失。

建议：

• 对于已经用不合法手段获取药品经营许可证的企业，应立即停止违法行为，主动向相关行政机关报告并接受处理，以避免更严重的法律后果。
• 对于考虑进行股权转让的企业，应确保所转让的股权基于合法合规的经营行为和资产，以避免因转让行为的不合法性而引发的法律纠纷和经济损失。

如果您在股权转让或公司法务方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。