农业保险被保险人擅自变更种植品种，主要违反了保险合同中的如实告知义务、保险标的危险程度显著增加的通知义务，以及可能违反按约定使用保险标的的义务。具体分析如下：

1. 如实告知义务
   在农业保险合同订立时，被保险人需如实告知保险标的（如种植品种、种植面积、种植方式等）的真实情况。若擅自变更种植品种，导致保险标的实际状况与投保时申报的信息不符，属于未履行如实告知义务。根据《保险法》第十六条，投保人故意或因重大过失未履行如实告知义务，足以影响保险人决定是否承保或提高保险费率的，保险人有权解除合同；若发生保险事故，保险人不承担赔偿或给付保险金的责任。

2. 保险标的危险程度显著增加的通知义务
   变更种植品种可能直接影响保险标的的风险水平（如抗病性、产量稳定性、市场价格波动等）。若新品种的风险显著高于原品种（如从低风险作物改为高风险作物），被保险人需按《保险法》第五十二条的规定，及时通知保险人。未通知的，因危险程度增加导致的保险事故，保险人不承担赔偿责任。例如，原种植小麦（抗旱性强）改为种植水稻（需水量大），若因干旱导致水稻减产，保险人可能拒赔。

3. 按约定使用保险标的的义务
   部分农业保险合同会明确约定保险标的的用途或种植要求（如仅承保特定品种、特定种植方式）。擅自变更品种可能构成违约，保险人可依据合同条款主张免责。例如，合同约定仅承保“杂交水稻”，被保险人改为种植“常规水稻”，若发生事故，保险人可能以“未按约定使用保险标的”为由拒赔。

建议：若需变更种植品种，被保险人应提前与保险人沟通，确认是否影响保险合同效力；若影响，可协商变更合同内容（如调整保费或承保范围）。若已擅自变更，需立即补报并评估风险，避免因未履行义务导致保险权益受损。如有具体合同条款或案例细节，可进一步向我咨询。