核心结论：若股权未变更新股东已支付投资款，新股东可先与原股东协商解决；协商不成，可依据投资协议追究原股东违约责任，或通过诉讼、仲裁要求履行变更义务；若投资协议存在瑕疵，需根据具体情况采取补救措施。以下是具体分析：

1. 协商解决
   新股东可首先与原股东及公司进行友好协商，明确股权未变更的具体原因（如手续延误、资料缺失、内部审批流程未完成等）。若因公司或原股东主观原因导致延误，可要求其出具书面承诺，明确变更时间节点及违约责任，避免后续纠纷。

2. 依据投资协议追究违约责任
   若双方签订了书面投资协议，且协议中明确约定了股权变更的时间、方式及违约责任（如违约金、赔偿损失等），新股东可依据协议要求原股东或公司履行变更义务。若对方拒不履行，可向法院提起诉讼或依据仲裁条款申请仲裁，要求强制变更股权并赔偿损失。
   示例：若协议约定“公司应在收到投资款后30日内完成工商变更登记，否则每日按投资款的0.1%支付违约金”，则新股东可主张违约金及实际损失。

3. 诉讼或仲裁要求履行变更义务
   若协商无果且无有效协议，新股东可直接以“股东名册记载纠纷”或“请求变更公司登记纠纷”为案由，向法院起诉公司及原股东，要求确认股东资格并办理工商变更登记。法院判决后，可凭生效文书向市场监管部门申请强制变更。
   法律依据：根据《公司法》第32条，记载于股东名册的股东可主张股东权利；未办理变更登记的，不得对抗善意第三人，但不影响实际股东资格。

4. 投资协议瑕疵的补救措施
   若投资协议未明确约定变更条款，或协议存在效力瑕疵（如未签字、内容违法等），新股东需先通过补充协议完善条款，或收集其他证据（如付款凭证、股东会决议、公司认可股东身份的书面文件等）证明实际出资及股东资格。必要时可要求公司签发出资证明书，或通过股东会决议确认股权比例。

风险提示：股权未变更期间，新股东虽可通过协议或实际出资主张权利，但未完成工商登记的股权不得对抗善意第三人（如后续债权人、新投资人等）。建议尽快推动变更手续，降低法律风险。

若有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询，我会结合协议条款及公司情况提供详细方案。