在交通事故中，如果机动车被判定负全责，并且双方选择协商解决，那么保险公司是否会赔钱以及赔钱的金额，主要取决于保险合同的约定、事故的具体情况以及协商的内容是否合理。以下是对这一问题的详细解答：
一、保险公司的赔偿义务
根据《中华人民共和国民法典》和《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，机动车发生交通事故造成损害，若属于该机动车一方责任，先由承保机动车强制保险（即交强险）的保险人在强制保险责任限额范围内予以赔偿。这表明，无论事故是否通过协商解决，保险公司都负有在保险责任范围内进行赔偿的法律义务。
二、协商解决与保险赔偿的关系
协商的有效性：交通事故发生后，双方当事人可以协商处理损失，并达成和解协议。然而，此协议并不直接决定保险公司的赔偿金额，而是作为事故处理的一种方式。
保险公司的核定权：保险公司会根据保险合同、事故责任归属及具体证据材料（如事故鉴定报告、医疗费用凭据、修理费用发票等）来重新核定赔偿金额。即使双方已协商解决，保险公司仍有权对赔偿金额进行复核，以确保赔偿的合理性和合法性。
三、赔偿金额的确定
交强险的赔偿：在机动车负全责的情况下，交强险会先行赔付受害人的损失，但赔偿限额是有限的。具体包括死亡伤残赔偿限额（有责时为18万元）、医疗费用赔偿限额（有责时为1.8万元）和财产损失赔偿限额（有责时为2000元）。
商业第三者责任险的赔偿：如果交通事故造成的损失超过了交强险的赔偿限额，超出部分将由商业第三者责任险在其保险金额范围内进行赔偿。赔偿范围通常包括交强险未涵盖的部分，如财产损失、精神损害抚慰金等。
协商内容的合理性：双方协商确定的赔偿项目和金额应符合法律规定及保险合同条款。过高的、不合理的赔偿金额可能超出保险赔付范围，导致保险公司不予认可。因此，在协商过程中，双方应充分了解保险公司的赔偿标准和流程，以确保协商结果的合理性和有效性。
四、赔偿条件与流程
符合保险合同约定：事故损失需属于保险责任范围，且被保险人需履行保险合同规定的义务，如及时报案、提供必要证明材料等。
完整有效的理赔材料：被保险人需向保险公司提供完整的理赔所需材料，如交通事故责任认定书、调解书、诊断证明、医疗费用清单、车辆维修发票等。材料齐全且符合要求是顺利进行理赔审核的前提。
赔偿流程：通常包括报案、现场勘查、检验、定损估价、提交索赔材料、赔款计算和审核等环节。在这些环节中，保险公司会依据具体情况确定最终赔偿金额。
五、注意事项与建议
报警与报案：在协商解决前，应确保事故已报警或由保险公司确认，并取得交警部门出具的事故责任认定书，作为后续索赔的重要依据。
了解赔偿标准：在协商解决时，双方应充分了解保险公司的赔偿流程和标准，以确保自身权益得到保障。避免因不了解规定而导致赔偿金额不合理或被拒赔的情况。
综上所述，交通事故协商解决后，保险公司仍需进行赔偿，但赔偿金额需依法依规确定。双方在协商过程中应充分考虑保险公司的赔偿标准和流程，以确保协商结果的合理性和有效性。如果涉及复杂的法律问题或争议，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。