结论：以租代购中，5000元分6期支付总计1万元是否合法，不能一概而论，需结合具体合同条款、利率计算方式及是否超出法定上限等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
1. 合同合法性角度
- 合同效力：以租代购合同本身是一种合法的交易形式，只要双方意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，合同即有效。因此，从合同形式上看，5000元分6期支付总计1万元的以租代购合同，只要双方自愿签订，且内容合法，通常是有效的。
- 利率限制：关键在于合同中约定的利率或费用是否超出法定上限。根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的的规定》（虽针对民间借贷，但类似融资租赁或以租代购等融资性交易可参照其精神），借贷双方约定的利率超过合同成立时一年期贷款市场报价利率四倍的，超出部分不受法律保护。若以租代购中的“租金”或“费用”实质上构成了高息贷款，则超出部分可能无效。
2. 费用计算与透明度角度
- 费用构成：需明确1万元中除5000元本金外，其余5000元是租金、利息、手续费还是其他费用。若主要为租金，且租赁期限、租金标准等合理，则可能合法；若主要为利息或高额手续费，则需进一步判断是否超出合理范围。
- 透明度要求：合同应明确列明各项费用及其计算方式，避免隐藏费用或模糊条款。若合同未充分披露费用信息，可能构成欺诈或显失公平，影响合同效力。
3. 实际操作与风险提示
- 实际操作：在实际操作中，以租代购常涉及车辆等大额资产，需办理相关登记手续，且租金支付方式、期限等需明确约定。若合同条款不清或存在歧义，可能引发纠纷。
- 风险提示：对于消费者而言，应仔细阅读合同条款，了解费用构成及支付方式，避免陷入高息贷款或不合理收费的陷阱。若发现合同存在不合法或不合理之处，应及时与对方协商或寻求法律帮助。
4. 具体计算与判断
- 假设场景：假设5000元为本金，6期支付总计1万元，则每期需支付约1666.67元。若此金额中包含高额利息或手续费，则需计算实际年化利率，并与法定上限进行比较。
- 计算公式：若以简单利息计算（实际可能更复杂），假设每期支付金额中包含等额本金和利息，则总利息为5000元（总支付额-本金），年化利率可通过公式计算得出（需考虑支付期限和方式）。若计算出的年化利率超出一年期贷款市场报价利率四倍，则超出部分可能不受法律保护。
建议：若您正面临此类以租代购交易，建议：
- 仔细审查合同条款，确保费用构成、支付方式等明确无误；
- 计算实际年化利率，与法定上限进行比较；
- 如发现不合法或不合理之处，及时与对方协商或寻求法律帮助。
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