公司员工违规罚款的合法性需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但在特定条件下可能合法。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下不合法
法律依据缺失：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律，用人单位没有直接对劳动者进行罚款的法定权利。罚款是行政处罚的一种，仅由国家特定的行政机关依法实施，企业并非行政机关，因此不具备罚款权。
- 例如，若公司以员工上班迟到为由直接处以罚款，这种行为在法律上是缺乏依据的。
公司规章制度要求：
- 即使公司制定了规章制度，若其中包含罚款内容，也需经过民主程序制定，即应经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并向劳动者公示或告知。未经此民主程序制定的规章制度，对员工不具有约束力。
- 同时，规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，如不得克扣或无故拖欠劳动者的工资，不得以罚款代替劳动报酬等。若规章制度中的罚款规定违反法律、法规强制性规定，也是无效的。
二、特定条件下可能合法
赔偿经济损失：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，若劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。此时，可从劳动者工资中扣除赔偿金额，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 这种情况下的扣除工资是基于员工对单位造成的实际损失而承担的赔偿责任，与一般的罚款性质不同，且有明确的扣除比例和底线限制。例如，员工因疏忽导致公司设备损坏，公司可根据实际损失要求员工赔偿，并从其工资中合理扣除。
合法有效的规章制度：
- 若公司规章制度明确规定了员工违规行为的处罚措施，且该规章制度经过民主程序制定并向员工公示，同时处罚措施合理且不违反法律法规的强制性规定，那么公司依据该规章制度对员工进行经济处罚（非罚款）可能是合法的。但需注意，这里的处罚不能等同于罚款，且应确保合理性和合法性。
三、员工权益保护与建议
- 了解权益：员工应了解自己的合法权益，包括不受非法罚款的权利。若公司存在非法罚款行为，员工有权拒绝并维护自己的合法权益。
- 协商解决：若员工认为公司罚款行为不合法或不合理，首先可与公司协商解决，要求公司撤销非法罚款或调整处罚措施。
- 投诉与仲裁：协商不成时，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。在投诉或仲裁过程中，员工应提供相关证据证明公司罚款行为的非法性或不合理性。
- 公司建议：对于公司而言，应建立完善的规章制度，明确可处罚的情形、标准和程序，并确保规章制度不违反法律法规的强制性规定。同时，公司应加强与员工之间的沟通和交流，确保员工了解公司的规章制度和处罚政策，避免不必要的纠纷和损失。
总结来说，公司员工违规罚款的合法性需根据具体情况判断。在大多数情况下，由于法律未赋予公司罚款权力，且公司规章制度制定程序和内容需严格遵守法律规定，因此罚款行为往往被视为不合法。然而，在特定情况下（如员工因个人原因给公司造成经济损失），公司有权要求员工赔偿损失，并从其工资中合理扣除。员工在面对公司罚款时，应了解自己的合法权益，并采取适当措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。