针对经营者名下多个门店存在同一违法行为的处罚问题，需结合具体违法情形、法律规定及执法实践综合判断，核心结论如下：

1. 若违法行为可独立评价（如每个门店单独实施）

   • 处罚原则：对每个门店的违法行为分别立案查处，独立计算违法所得、罚款基数等。
     
   • 法律依据：根据《行政处罚法》第二十九条“对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚”，但若多个门店独立实施违法行为（如不同门店销售过期食品），则属于“多个违法行为”，可分别处罚。
     
   • 实践示例：某连锁餐饮企业旗下3家门店均存在未公示食品添加剂使用情况的行为，市场监管部门可对每家门店分别处以5000元罚款。
     

2. 若违法行为属经营者统一组织（如总部统一安排违法经营）

   • 处罚原则：将多个门店的违法行为视为经营者的“同一违法行为”，合并计算违法所得、罚款基数，但需注意“一事不再罚”原则（即对同一违法行为不得重复罚款）。
     
   • 法律依据：根据《行政处罚法》及行业法规（如《药品管理法》《食品安全法》），若违法行为由经营者统一决策、管理（如总部要求所有门店使用虚假标签），则处罚对象为经营者本身，罚款金额可能按所有门店的违法所得总和计算。
     
   • 实践示例：某连锁药店总部统一要求所有门店销售未注册医疗器械，药监部门可对总部处以货值金额15-30倍罚款，而非对每家门店单独处罚。
     

3. 特殊情形：从重或从轻情节

   • 从重处罚：若多个门店的违法行为造成严重危害后果（如多人食物中毒），或经营者拒不整改、多次违法，可依法从重处罚（如提高罚款倍数、吊销许可证）。
     
   • 从轻或减轻处罚：若经营者主动报告、配合调查，或违法行为轻微且未造成危害后果，可依法从轻或减轻处罚（如降低罚款金额、不予处罚）。
     

建议：若您遇到此类问题，需结合具体违法行为（如食品安全、广告宣传、价格欺诈等）、行业法规及地方执法标准综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供详细分析。