核心结论：在朋友还清钱后，为留存证据，可通过书面确认、电子记录、第三方见证、保留原始凭证等多种方式，以下为你详细介绍：

1. 书面确认
   • 借条收回或作废声明：如果最初借款时有借条，在朋友还清钱后，应当收回原始借条并销毁，或者让朋友出具一份声明，明确说明之前的借款已经全部还清，借条作废。例如，声明中可以写“本人[朋友姓名]于[借款日期]向[你的姓名]借款人民币[X]元，现已于[还款日期]以[还款方式，如现金、转账等]全部还清，原借条作废”。
   • 还款协议或收据：双方可以签订一份还款协议，详细记录还款的时间、金额、方式等信息，并由双方签字确认。或者由你出具一份收据，注明收到朋友的还款金额、还款日期等内容，让朋友签字。比如收据可以这样写“今收到[朋友姓名]归还的借款人民币[X]元，还款方式为[具体方式]，收款人：[你的姓名]，收款日期：[具体日期]”。
2. 电子记录
   • 转账记录：如果朋友是通过银行转账、支付宝、微信等方式还款的，要保留好相关的转账记录。这些电子记录可以作为还款的有力证据。对于银行转账，可以通过网上银行或手机银行查询并打印转账凭证；对于支付宝和微信转账，可以在相应的APP中找到转账记录，并进行截图保存，同时可以申请电子回单作为补充证据。
   • 聊天记录：如果双方在还款过程中有通过短信、微信、QQ等聊天工具进行沟通，要保存好相关的聊天记录。聊天记录中可以包含朋友承诺还款的时间、金额，以及实际还款的确认等信息。例如，朋友在微信中说“我今天会把剩下的5000元转给你”，你回复“好的”，之后朋友转账后你又回复“已收到”，这些聊天记录都可以作为证据。
3. 第三方见证
   • 证人证言：如果有第三人在场见证了朋友的还款过程，可以请证人出具书面证言，证明朋友已经还清了借款。证人应当是具有完全民事行为能力、与双方无利害关系的人。例如，当时有共同的朋友在场，可以请该朋友写一份证言，说明还款的时间、地点、金额等情况，并签字按手印。
   • 公证：如果对证据的效力有较高的要求，可以考虑对还款事实进行公证。双方可以一起到公证处，在公证员的面前签订还款确认文件，由公证处出具公证书。公证书具有较高的证明力，在法律上通常会被直接采信。
4. 保留原始凭证
   • 借款时的相关凭证：虽然朋友已经还清了钱，但借款时的一些原始凭证，如借款合同（如果有）、借款时的转账记录等，也可以保留一段时间，以备不时之需。这些凭证可以与还款证据相互印证，形成一个完整的证据链。例如，借款时有签订借款合同，合同中约定了借款金额、利息、还款期限等内容，在朋友还款后，保留该合同可以证明最初的借款事实。