在非法经营罪案件中，如果无法查清违法所得，司法机关通常会根据现有证据和法律规定进行综合判断和处理，具体有以下几种情况：
依据其他证据定罪量刑：
- 非法经营罪的成立并不完全依赖于违法所得的准确数额。即使违法所得无法查清，司法机关仍可以根据其他证据，如经营数额、经营数量、经营次数、经营规模等，来认定非法经营行为的性质和情节。
- 根据《刑法》第二百二十五条的规定，非法经营罪是指违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的行为：（一）未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的；（二）买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的；（三）未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的；（四）其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。因此，只要行为符合上述情形之一，且情节严重，即可构成非法经营罪。
推定违法所得数额：
- 在某些情况下，司法机关可能会根据经营活动的性质、规模、持续时间等因素，结合行业惯例或市场情况，合理推定违法所得的数额。这种推定需要基于充分的证据和合理的推断，以确保公正和准确。
- 例如，如果被告人长期从事非法经营活动，且经营规模较大，但无法提供准确的账目或收入记录，司法机关可能会根据同类经营活动的平均利润水平或市场行情，来推定其违法所得的数额。
考虑从轻或减轻处罚的情节：
- 如果被告人能够积极配合调查，如实供述自己的罪行，或者主动退缴违法所得（即使无法完全查清），司法机关在量刑时可能会考虑这些从轻或减轻处罚的情节。
- 根据《刑法》的相关规定，对于犯罪情节较轻、有悔罪表现、没有再犯罪的危险等情形的被告人，可以依法从轻或减轻处罚。
面临无法定罪的风险（但较为罕见）：
- 在极少数情况下，如果确实无法查清违法所得，且其他证据也不足以证明非法经营行为的情节严重性，那么被告人可能面临无法被定罪的风险。然而，这种情况相对罕见，因为司法机关通常会尽力收集证据来支持定罪。
法律建议：
- 积极配合调查：如果涉嫌非法经营罪，被告人应积极配合司法机关的调查工作，如实供述自己的罪行，以争取从轻或减轻处罚的机会。
- 主动退缴违法所得：即使无法完全查清违法所得的数额，被告人也应主动退缴自己能够退缴的部分，以显示悔罪态度。
- 寻求专业法律帮助：非法经营罪案件涉及复杂的法律问题和证据收集工作，因此被告人应寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
可能面临的法律后果：
- 如果被定罪为非法经营罪，被告人可能面临有期徒刑、拘役、罚金等刑罚。具体刑罚的轻重将取决于非法经营行为的性质、情节严重程度以及被告人的悔罪表现等因素。
总结来说，在非法经营罪案件中，即使无法查清违法所得，司法机关仍会根据现有证据和法律规定进行综合判断和处理。被告人应积极配合调查、主动退缴违法所得，并寻求专业法律帮助以维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。