针对您提出的“改建加油站建好后，验收通过了，但证件在办理中就进行经营，会如何处罚”的问题，这确实是一个涉及安全生产和法律法规的严肃话题。以下是我根据相关法律法规和典型案例，为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，在证件未办理完成之前进行经营活动，属于非法经营行为。加油站作为涉及危险化学品（如汽油、柴油等）的特殊行业，其经营必须严格遵守国家相关法律法规，确保所有证件齐全、手续完备。
处罚依据
《中华人民共和国安全生产法》：该法规定了企业从事生产经营活动必须具备的安全生产条件，以及违反这些条件所应承担的法律责任。对于未取得相应许可擅自从事危险化学品经营活动的行为，该法有明确的处罚条款。
《危险化学品安全管理条例》：该条例详细规定了危险化学品的生产、储存、使用、经营和运输等环节的安全管理要求。对于未经许可擅自经营危险化学品的行为，条例中规定了严厉的处罚措施。
可能的处罚措施
责令停止经营活动：应急管理部门或相关监管机构在发现加油站未取得经营许可证就擅自经营时，会首先责令其立即停止经营活动，以消除安全隐患。
没收违法所得：对于已经通过非法经营获得的收益，监管机构有权进行没收，以剥夺其违法所得。
罚款：根据违法行为的严重程度和造成的后果，监管机构会对加油站处以一定数额的罚款。罚款数额可能因地区、违法情节等因素而有所不同，但通常都会相当严厉，以起到震慑作用。
刑事责任：如果非法经营行为造成了严重后果（如火灾、爆炸等安全事故），加油站的相关责任人还可能面临刑事责任的追究。
典型案例参考
虽然您提供的参考信息中并未直接涉及加油站未取得经营许可证就擅自经营的案例，但类似的安全生产违法违规行为（如非法建设、违规仓储经营等）都受到了严厉的处罚。例如，新疆应急管理厅公布的案例中，就有企业因安全设施未经审查同意擅自开工建设而被处以高额罚款，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员也进行了处罚。
建议
立即停止经营活动：在证件办理完成之前，加油站应立即停止一切经营活动，以避免法律风险和安全隐患。
加快证件办理进度：加油站应积极与相关部门沟通，加快证件的办理进度，确保在合法合规的前提下开展经营活动。
加强安全管理：在等待证件办理期间，加油站应加强内部安全管理，确保各项安全措施到位，防止发生安全事故。
综上所述，改建加油站建好后在证件未办理完成之前进行经营活动是违法的，将面临严厉的处罚。因此，我建议您务必遵守相关法律法规，确保所有证件齐全后再开展经营活动。