违纪案件中，是否可以没收违法所得和罚款需根据具体情形判断，主要取决于案件性质、主体身份及适用法律。 以下是具体分析：

1. 若违纪案件同时构成行政违法（如公务员违反行政纪律且违反行政管理法规）
   根据《行政机关公务员处分条例》《行政处罚法》等规定，行政机关可对违纪人员同时给予行政处分（如警告、记过、开除等）和行政处罚（如罚款、没收违法所得）。例如，公务员利用职务便利收受财物，既违反《公务员法》的纪律要求，又构成《行政处罚法》中的“非法所得”，行政机关可没收违法所得并罚款，同时给予政务处分。

2. 若违纪案件仅涉及内部纪律（如企业员工违反公司规章制度）
   企业、事业单位等非行政主体无权直接适用“没收违法所得”或“罚款”等行政处罚措施，但可通过内部纪律处分（如警告、扣发奖金、解除劳动合同等）处理。不过，若违纪行为同时违反《劳动合同法》《治安管理处罚法》等法律，企业可报警或通过劳动仲裁主张权利，由公安机关或劳动部门依法没收违法所得或罚款。

3. 若违纪案件涉嫌刑事犯罪（如贪污、受贿）
   根据《刑法》《刑事诉讼法》，司法机关可对犯罪嫌疑人/被告人追缴违法所得（如赃款、赃物）并处罚金（刑事处罚的一种），同时由纪检监察机关给予党纪政务处分。此时，“没收违法所得”和“罚金”属于刑事司法范畴，与行政处罚中的“罚款”性质不同。

总结建议：

• 需先明确违纪案件的主体身份（公务员、企业员工等）和具体行为性质（是否同时违法或犯罪）；
  
• 行政主体可依法同时处分和处罚，非行政主体需通过法律途径追究责任；
  
• 涉及刑事犯罪的，司法机关将依法追缴和判处罚金。
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合法律条文和实务经验为您详细分析。