工程合同中进度款支付部分完全可以约定完成百分比来支付，这是合同自由原则的体现，也是工程建设领域常见的做法。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、合同约定的合法性与有效性

1. 合同自由原则：在民事法律关系中，合同双方享有充分的自由约定权，只要约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，即具有法律效力。因此，在工程合同中约定进度款按完成百分比支付，是合法且有效的。

2. 明确约定的重要性：为了确保双方权益，合同中应明确约定进度款的支付比例、支付时间、支付条件等关键条款。这样，在工程进展过程中，双方可以依据合同条款进行资金往来，避免产生不必要的争议。

二、进度款按完成百分比支付的具体操作

1. 确定支付比例：合同双方应根据工程实际情况、施工进度、资金状况等因素，协商确定一个既合理又可行的支付比例。这个比例可能随着工程的推进而有所调整，但每次调整都应在合同中明确体现。

2. 提交申请与审核：当工程达到合同约定的某个阶段或里程碑时，承包方应及时向发包方提交进度款申请，并附上详细的工程进度报告、已完成工作量的证明文件等必要资料。发包方在收到申请后，应按照合同约定的程序和时间要求进行审核，确认无误后及时支付进度款。

三、不同领域或项目类型的特殊规定

1. 政府机关、事业单位、国有企业项目：

   • 此类项目的进度款支付应不低于已完成工程价款的80%。
   • 在不超出工程总概（预）算及确保工程决（结）算工作顺利开展的前提下，发承包双方可根据项目实际情况自行确定支付比例。
   • 若合同中约定的支付比例低于上述标准，发包方应在竣工结算时及时支付全部剩余工程款。

2. 政府采购领域：

   • 采购人应按照政府采购合同规定及时向中标或成交供应商支付采购资金，进度款支付比例原则上不低于合同金额的70%。
   • 鼓励采购人对中小企业供应商在合同履行前支付不超过合同金额30%的预付款，以减轻中小企业资金压力。

四、违约责任与法律救济

1. 发包方违约：如果发包方未能按照合同约定支付进度款，承包方有权依据合同条款要求发包方承担违约责任，包括但不限于支付利息、赔偿损失等。在严重情况下，承包方还可以考虑暂停施工或解除合同。

2. 承包方违约：同样地，如果承包方未能按照合同约定的进度完成工程，发包方也有权根据合同条款扣减相应的进度款或者采取其他补救措施，如要求承包方加快施工进度、承担违约责任等。

五、实际操作建议

1. 明确合同条款：在签订合同时，务必明确进度款的支付比例、支付时间等关键条款，以避免后续争议。同时，可以考虑在合同中设置一些灵活的调整机制，以应对工程进展过程中可能出现的各种变化。

2. 加强沟通与协商：在实际操作过程中，双方应保持密切的沟通与协商，及时解决可能出现的支付问题。如果遇到合同未明确约定或约定不明确的情况，双方应及时进行补充协商，以达成一致意见。

3. 遵守法律法规：在实际操作中，应严格遵守相关法律法规的规定，确保合同的合法性和有效性。特别是对于政府机关、事业单位、国有企业项目以及政府采购领域，应特别注意遵守相关特殊规定。

综上所述，工程合同中进度款支付部分完全可以约定完成百分比来支付。双方在签订合同时应明确约定相关条款，并在实际操作过程中加强沟通与协商，以确保工程项目的顺利进行和资金的及时支付。如果您在工程合同方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。