关于和第三者同居期间签订的“两清协议”是否有效以及钱是否已还的问题，需要分情况讨论：
协议内容合法性及效力
- 若协议内容合法：如果“两清协议”的内容主要是关于双方在同居期间财产分割、债务承担等合法事项的约定，且双方均具备完全民事行为能力，意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该协议通常是有效的。这意味着，一旦协议签订，双方都应按照协议内容履行各自的义务。
- 若协议内容违法或违背公序良俗：如果协议中涉及非法内容，如约定一方必须继续与另一方保持同居关系，或者涉及对第三者的不正当利益输送等，那么这样的协议是无效的。因为法律不会保护非法或违背公序良俗的约定。
钱是否已还的认定
- 有书面证据：如果双方在协议中明确约定了还款的金额、方式、时间等，并且有相应的书面证据（如转账记录、收条等）证明钱款已经按照协议约定进行了支付，那么可以认定钱已经还了。这种情况下，如果一方反悔或否认还款事实，另一方可以凭借这些书面证据来维护自己的权益。
- 无书面证据或证据不足：如果双方没有签订书面协议，或者虽然签订了协议但缺乏具体的还款证据（如只有口头约定而没有转账记录等），那么在发生纠纷时，就可能难以认定钱是否已经还了。这种情况下，法院可能会根据双方的陈述、证人证言、其他相关证据以及公平原则等来进行综合判断。
法律建议：
- 签订书面协议：为了避免不必要的纠纷和麻烦，建议在同居期间或结束同居关系时，双方就财产分割、债务承担等事项签订书面协议，并明确约定还款的金额、方式、时间等具体细节。
- 保留证据：在履行协议过程中，要注意保留好相关的书面证据（如转账记录、收条等），以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。
- 寻求法律帮助：如果双方在协议签订或履行过程中遇到任何法律问题或纠纷，建议及时咨询专业律师，以便得到专业的法律建议和帮助。
可能法律后果：
- 如果协议有效且钱款已经按照协议约定支付，那么双方应继续履行协议中的其他义务（如果有的话），或者协议已经履行完毕，则双方之间的权利义务关系终止。
- 如果协议无效或钱款未按照协议约定支付，那么一方可能会向法院提起诉讼，要求另一方履行协议义务或赔偿损失。法院将根据具体情况进行判决，并可能要求违约方承担相应的法律责任。
希望以上分析能够对你有所帮助。如果你有任何其他问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。