在建设用地上未经批准建筑厂房，国土部门罚款后，厂房的处理方式需根据具体情况分情况讨论，具体如下：

1. 若厂房符合土地利用总体规划和城乡规划，且罚款后补办了相关审批手续：
   根据《土地管理法》及相关规定，若厂房建设虽未事先审批，但符合土地利用总体规划和城乡规划，且在国土部门罚款后，建设单位或个人依法补办了建设用地审批、规划许可等手续，则厂房可保留并继续使用。此时，罚款主要针对的是“未批先建”的违法行为，补办手续后厂房的合法性得以补正。

2. 若厂房不符合土地利用总体规划或城乡规划，或无法补办审批手续：

   • 限期拆除：若厂房建设违反土地利用总体规划或城乡规划，且无法通过调整规划或补办手续使其合法化，国土部门或城乡规划部门可责令限期拆除厂房，恢复土地原状。此时，罚款是行政处罚的一部分，拆除是针对违法建设的直接处理措施。
     
   • 没收实物或违法收入：在特定情况下（如违法建设情节严重），除罚款外，行政机关还可没收违法建设的厂房或违法收入（如出租、出售厂房的所得），并可并处罚款。没收后，厂房可能由政府依法处置（如拍卖、拆除等）。
     

3. 若厂房涉及其他违法行为（如占用耕地、生态保护红线等）：
   若厂房建设不仅违反土地管理法规，还涉及占用耕地、生态保护红线、基本农田等更严重的违法行为，除罚款外，还可能面临更严厉的行政处罚（如责令退还土地、恢复土地原状、限期拆除等），甚至刑事责任（如非法占用农用地罪）。此时，厂房的处理需结合具体违法行为和法律后果综合判断。

建议：

• 若您的厂房已被国土部门罚款，建议首先核实罚款依据（如是否因“未批先建”被处罚），并尽快咨询当地国土、规划部门，了解厂房是否符合规划及能否补办手续。
  
• 若厂房面临拆除或没收风险，建议及时委托律师介入，通过行政复议、行政诉讼等法律途径维护权益，避免损失扩大。
  
• 未来建设厂房时，务必提前办理建设用地审批、规划许可等手续，确保合法合规，避免类似风险。
  

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