关于道路两侧商户将窗户改为门是否违法以及如何处罚的问题，这主要取决于当地的具体法规和规定。不过，我可以根据一些常见的法规和案例，给您一个大致的解答。
首先，窗户改门是否违法：
在多数情况下，未经相关部门批准，擅自将窗户改为门是违法的。这是因为这种改动可能涉及到建筑结构、安全、城市规划等多个方面的问题。例如，它可能影响建筑物的承重结构，或者改变建筑物的外观，与城市规划不符。
具体来说，不同地区的法规可能有所不同。以天津市为例，根据《天津市城市管理规定》第四十六条，严禁在住宅楼房外檐上增设门窗、拆窗改门或者扩大原有门窗尺寸。这表明，在天津市，未经批准擅自进行窗户改门是违法的。
如何处罚：
对于违法窗户改门的行为，处罚措施也因地区而异。一般来说，处罚可能包括责令限期改正、罚款等。
责令限期改正：相关部门会要求商户在规定的时间内将改动恢复原状，以确保建筑物的安全和符合城市规划。
罚款：如果商户未在规定时间内改正，或者拒不改正，相关部门可能会对其处以罚款。罚款的金额因地区和违规情节的严重程度而异。例如，在天津市，违反上述规定的，由房屋安全使用管理部门责令限期改正；逾期不改正的，处2万元罚款，并申请人民法院强制执行。而在其他地区，如广东省中山市，对于超出门窗和外墙经营（虽然不完全等同于窗户改门，但体现了对建筑物外观和经营行为的规范）的行为，可以处五百元以上五千元以下的罚款。
建议：
如果您是商户，考虑进行窗户改门等改动时，建议先咨询当地的城市规划、建设或房屋管理部门，了解相关法规和规定，确保改动合法合规。如果已经进行了违法改动，建议尽快与相关部门联系，了解整改要求和期限，并积极配合整改工作，以避免更严重的法律后果。
总的来说，窗户改门是否违法以及如何处罚，需要依据当地的具体法规和规定来判断。希望这个解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。