针对您提出的“如果起诉无效行政行为，是否适用起诉期限制度”的问题，以下是我的详细解答：
一、无效行政行为的基本特性与起诉期限的一般原则
无效行政行为，因其存在重大且明显的违法情形，从本质上不具备法律效力，具有自始无效、当然无效的特性。在理论上，这意味着相对人可以在任何时候向法院请求确认该行政行为无效，而不受一般起诉期限的限制。这一原则体现了法律对无效行政行为的严厉否定态度，以及对当事人合法权益的充分保护。
二、实际操作中的时效性考量
尽管无效行政行为在理论上不受起诉期限的限制，但在实际操作中，法院为了维护法律的稳定性和诉讼秩序，仍可能会考虑一些时效性的因素。这主要体现在以下几个方面：
司法资源合理利用与法律秩序稳定：如果行政行为作出后长时间未受挑战，且基于该行为已形成稳定的法律秩序和社会关系，法院在受理相关案件时，可能会考虑司法资源的合理利用和对现有法律秩序的维护。例如，涉及不动产登记的行政行为，若多年后相关权利人主张登记无效，而期间已发生多次合法交易流转，法院在审理时就会更加谨慎。
善意第三人信赖利益保护：当无效行政行为涉及善意第三人的信赖利益时，法院在审查无效主张时也会更加严格。如果允许随意主张无效，可能会损害善意第三人的合法权益，破坏市场的交易秩序和稳定性。因此，法院可能会要求主张无效的一方提供更充分的理由和证据，或在保护善意第三人利益的前提下审查无效主张。
三、起诉期限的具体规定与注意事项
虽然无效行政行为不受一般起诉期限的限制，但我国法律对行政行为的起诉期限仍有明确规定。根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，公民、法人或其他组织认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益的，需在知道或应当知道该行政行为之日起的一定期限内（通常是六个月）向人民法院提起诉讼。这一规定旨在保证行政效率和争议解决的及时性。
四、建议与总结
及时咨询专业律师：如果您认为遇到了无效行政行为，并考虑提起诉讼，建议尽快咨询专业律师，了解自身权利与义务，以及诉讼的具体流程和可能的风险。
在合理期限内采取行动：尽管无效行政行为在理论上不受起诉期限的限制，但为了维护自身权益和诉讼效率，建议您在发现无效行政行为后，尽快在合理期限内通过法律途径维护自己的权益。
综合考虑各方利益：在提起诉讼时，您需要综合考虑各方利益，包括自身权益、被告的利益以及善意第三人的利益等。法院在审理过程中也会根据具体情况，平衡各方利益，确保司法公正与效率。
综上所述，无效行政行为在理论上不受一般行政诉讼起诉期限的限制，但在实际操作中仍需注意时效性问题。为了确保您的权益得到有效保护，建议您及时咨询专业律师，并在合理期限内采取行动。