结论前置：集体扣留高速公路耕地补偿款是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若集体扣留补偿款有合法依据及合理理由
   根据《土地管理法》及《村民委员会组织法》，集体经济组织在特定情况下可依法管理或分配补偿款。例如：

   • 补偿款用途合法：若扣留部分款项用于公共利益（如修建村内道路、水利设施等），且经村民会议或村民代表会议三分之二以上成员同意，程序合法，则扣留行为可能被认定为合法。
     
   • 代管暂扣：若因补偿款分配方案存在争议（如部分村民对分配比例有异议），集体经济组织可暂时代管款项，待争议解决后再分配，但需明确告知村民暂扣原因及期限。
     

2. 若集体扣留补偿款无合法依据或程序违法
   若集体经济组织未经法定程序（如未召开村民会议、未达成有效决议）擅自扣留补偿款，或扣留款项用于非公共利益目的（如私分、挪作他用），则属于违法行为。此时，村民可依法维权：

   • 行政投诉：向乡镇政府或县级农业农村部门反映，要求调查处理；
     
   • 民事诉讼：以集体经济组织为被告，起诉要求返还被扣留的补偿款；
     
   • 刑事举报：若涉及贪污、挪用公款等犯罪行为，可向公安机关报案。
     

关键提醒：

• 补偿款的归属需明确：若耕地被征收，补偿款应直接支付给被征地农户，集体经济组织仅能依法提取部分用于公共支出；若耕地属集体所有，则补偿款归集体所有，但分配方案需经民主程序决定。
  
• 程序合法性是核心：即使扣留行为有合理目的，也必须严格遵守法定程序，否则可能因程序违法而被认定无效。
  

建议行动：
若您遇到此类问题，建议先核实集体扣留补偿款的具体理由及决策程序（如是否召开村民会议、是否有会议记录等），再根据上述分析判断合法性。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您进一步分析。