在建设施工合同纠纷中，借款能否在诉讼中直接抵扣，需分情况讨论：

一、借款与工程款性质明确区分，且无抵扣约定时

1. 法律关系独立：借款合同与建设施工合同是两个独立的法律关系。借款合同主要调整的是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同关系；而建设施工合同则调整的是发包人与承包人之间因工程建设而产生的权利义务关系。
2. 无抵扣依据：在借款与工程款性质明确区分，且双方没有约定借款可以在工程款中抵扣的情况下，法院通常不会直接在诉讼中判决借款抵扣工程款。因为这两种债务的产生基础、法律关系及履行方式均不相同，缺乏直接抵扣的法律和事实依据。

二、借款与工程款存在关联，且有抵扣约定时

1. 合同约定优先：如果双方在合同中明确约定了借款可以在工程款中抵扣，或者双方事后达成了抵扣的合意，那么根据合同自由原则，法院在审理相关纠纷时，会尊重双方的约定，允许借款在诉讼中直接抵扣工程款。
2. 抵扣的合理性：即使双方有抵扣的约定，法院在判决时也会考虑抵扣的合理性。例如，抵扣的金额是否合理、是否超过了工程款的总额、是否损害了第三人的利益等。如果抵扣不合理，法院可能会调整抵扣的金额或者不予抵扣。

三、借款与工程款存在混同，难以区分时

1. 事实认定困难：在实际操作中，有时借款与工程款可能会因为资金往来频繁、账目不清等原因而混同，难以区分。在这种情况下，法院需要依据双方提供的证据，对借款与工程款的性质、金额等进行认定。
2. 抵扣的可能性：如果法院最终认定借款与工程款确实存在混同，且无法区分各自的具体金额，那么根据公平原则和诚实信用原则，法院可能会考虑在诉讼中允许部分或全部借款抵扣工程款。但这种情况下的抵扣通常需要双方进行协商，或者由法院根据具体情况进行裁量。

四、法律建议

1. 明确合同条款：为了避免纠纷的发生，建议在签订建设施工合同时，对借款与工程款的性质、金额、支付方式、抵扣条件等进行明确约定。这样可以在纠纷发生时，为法院的判决提供明确的依据。
2. 保留相关证据：在合同履行过程中，双方应妥善保留与借款和工程款相关的所有证据，如转账记录、收据、发票、合同等。这些证据在纠纷发生时，将起到至关重要的作用。
3. 及时协商解决：如果双方在合同履行过程中出现了借款与工程款抵扣的争议，建议及时协商解决。通过协商，双方可以达成共识，避免纠纷的进一步升级。如果协商不成，再考虑通过法律途径解决。

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