结论：劳动仲裁调解协议签订后发现多发工资，一般需根据具体情况判断是否需要退还，若需退还，应与用人单位协商或通过法律途径解决；若无需退还，也需确保自身行为的合法性。以下从不同角度进行分析：
一、从法律义务角度分析
退还义务：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不当得利是指没有合法根据，使他人受到损失而自己获得了利益。在劳动仲裁调解协议签订后，若发现多发工资，且该多发部分没有合法依据（如并非基于劳动合同、公司规章制度或双方约定等），则劳动者构成不当得利，应当退还多发工资给用人单位。
- 法律依据：《民法典》第九百八十五条：“得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益。”
不退还的法律后果：
- 若劳动者拒绝退还多发工资，用人单位有权通过法律途径追讨，包括但不限于提起民事诉讼。在诉讼过程中，劳动者需承担举证责任，证明其收取多发工资具有合法依据。若无法证明，则可能面临败诉风险，并需承担退还工资及可能产生的诉讼费用等法律责任。
二、从实际操作角度分析
与用人单位协商：
- 在发现多发工资后，劳动者应首先与用人单位进行沟通，说明情况，并协商退还事宜。这有助于维护良好的劳动关系，避免不必要的法律纠纷。
- 协商内容：可以包括退还金额、退还方式（如一次性退还或分期退还）、退还时间等。双方应尽量达成一致意见，并签订书面协议以明确各自的权利义务。
通过法律途径解决：
- 若协商无果，或用人单位拒绝承认多发工资的事实，劳动者可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自身权益及可能的法律途径。
- 法律途径：包括向劳动争议调解委员会申请调解、向劳动争议仲裁委员会申请仲裁（但需注意，若已签订调解协议且该协议已生效，则一般需先通过协商或诉讼等途径解决调解协议的履行问题，而非直接申请仲裁）、向人民法院提起诉讼等。
三、特殊情况分析
调解协议内容存在瑕疵：
- 若劳动仲裁调解协议中关于工资支付的条款存在瑕疵或不明确之处，导致多发工资的情况发生，双方应首先根据协议内容及实际情况进行协商。若协商无果，且该瑕疵或不明确之处足以影响协议的效力或履行，则可能需通过法律途径解决争议。
用人单位过错导致多发工资：
- 若多发工资是由于用人单位的过错（如财务计算错误、系统故障等）导致的，且劳动者在收取工资时并不知情或无法预见该过错的发生，则劳动者在退还工资时可能无需承担全部责任。但具体责任划分需根据双方过错程度、实际情况及法律规定进行综合判断。
建议：在处理此类问题时，劳动者应保持冷静、理性，积极与用人单位沟通协商，并寻求专业法律意见以维护自身合法权益。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。