企业两次改制时，追诉期的计算需根据具体改制行为性质及法律关系变化来确定，通常以最后一次改制行为完成或相关权利义务最终确定的时间为基准，但需结合具体情形分析。以下分情况详细说明：

1. 若两次改制行为均涉及同一法律关系或同一违法行为
   例如，企业第一次改制时存在未依法安置职工、未清偿债务等违法行为，第二次改制时仍未纠正或进一步侵害相关方权益，此时追诉期应从最后一次改制行为完成之日起算。因为第二次改制可能视为对第一次违法行为的延续或加重，法律上通常将此类连续行为视为一个整体，以最终行为完成时间作为追诉期起点。

2. 若两次改制行为涉及不同法律关系或独立违法行为
   例如，第一次改制是股权结构调整，第二次改制是资产重组，且两次改制分别涉及不同的合同关系或侵权行为（如第一次改制未支付股权转让款，第二次改制未履行资产转让协议），此时需分别计算追诉期。即针对第一次改制的纠纷，追诉期从第一次改制行为完成之日起算；针对第二次改制的纠纷，则从第二次改制行为完成之日起算。

3. 若第二次改制导致权利义务关系发生根本性变化
   例如，第一次改制后企业与债权人达成债务重组协议，但第二次改制时企业通过资产转移逃避债务，导致原债务重组协议无法履行。此时，若债权人主张第二次改制行为构成恶意逃债，追诉期应从债权人知道或应当知道第二次改制行为侵害其权益之日起算（通常为第二次改制完成且权利受损事实明确时）。

关键提示：

• 追诉期的具体起算点需结合改制行为性质、法律关系变化及权利受损事实的明确时间综合判断，建议结合具体证据（如改制协议、政府批文、权利受损证明等）确定。
  
• 若涉及诉讼，法院可能根据《民法典》第188条（普通诉讼时效3年，最长20年）或《公司法》及相关司法解释中关于改制纠纷的特殊规定（如股东权利保护期限）进行裁判。
  

如有具体改制案例或纠纷细节，可进一步向我咨询，我会结合事实与法律为你详细分析。