重大工程质量事故的调查处理主要由事故发生地的人民政府负责，具体由其指定的部门或机构组织事故调查组进行调查处理。以下是对这一问题的详细分析：
一、调查处理主体
根据《生产安全事故报告和调查处理条例》第十九条，特别重大事故由国务院或者国务院授权有关部门组织事故调查组进行调查。重大事故、较大事故、一般事故分别由事故发生地省级人民政府、设区的市级人民政府、县级人民政府负责调查。省级人民政府、设区的市级人民政府、县级人民政府可以直接组织事故调查组进行调查，也可以授权或者委托有关部门组织事故调查组进行调查。
二、调查组组成
事故调查组的组成通常包括有关人民政府、安全生产监督管理部门、负有安全生产监督管理职责的有关部门、监察机关、公安机关以及工会派人组成，并应当邀请人民检察院派人参加。事故调查组可以聘请有关专家参与调查，以确保调查的专业性和准确性。
三、调查处理流程
事故报告：事故发生后，现场人员应立即向建设单位负责人报告，紧急情况下可直接向县级以上人民政府住房和城乡建设主管部门报告。建设单位负责人应在1小时内上报至相关部门，施工总承包工程由总承包单位负责上报。住房和城乡建设主管部门需按规定逐级上报至国务院相关部门，每级上报时间不超过2小时。
现场保护：事故现场及相关证据必须妥善保护，不得破坏或毁灭。因抢救需要移动物件时，应做标志、绘简图并记录，保存重要痕迹和物证。
调查配合：事故调查组负责查明事故经过、原因、伤亡及损失等情况。调查期间，相关单位和个人应如实提供资料，不得隐瞒或谎报。
处理与责任追究：根据事故调查结果，对责任单位和责任人依法给予行政处罚，如罚款、暂停项目开发、降低资质等级等。若构成犯罪，如工程重大安全事故罪，将依法追究刑事责任，可能面临有期徒刑、罚金等刑罚。同时，责任单位需对事故造成的人身伤害和财产损失承担民事赔偿责任。
四、法律后果与影响
重大工程质量事故具有严重的社会影响，不仅可能导致人员伤亡和财产损失，还可能对企业的声誉和行业形象造成负面影响。因此，相关部门在调查处理过程中会依法追究相关责任人的法律责任，并采取措施防止类似事故再次发生。
五、实例说明
假设某大型建筑工程因质量问题导致部分结构垮塌，造成15名工人死亡，60人受伤，且直接经济损失达6000万元。此事故被归类为重大事故，将由事故发生地省级人民政府负责调查处理。调查组将查明事故原因、责任单位和责任人，并依法给予相应的行政处罚和刑事责任追究。
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