当部分股东不同意清算方案时，可按照以下步骤处理，以确保清算程序的合法性与有效性，同时维护公司和股东的合法权益：

1. 依据公司章程处理

   • 查看公司章程：公司章程是公司内部的“宪法”，对于清算的启动条件、表决程序等往往有明确规定。若章程规定了特定情形下清算需经一定比例表决权的股东通过，只要达到该比例要求，即便部分股东不同意，清算程序也可依法推进。例如，若章程规定“经代表三分之二以上表决权的股东通过，可启动清算程序”，那么在达到该比例时，清算程序即可启动。

2. 协商沟通

   • 召集股东会：向不同意清算的股东充分说明清算的必要性、合理性以及对公司和全体股东的长远利益影响。通过股东会的形式，让各方股东充分表达意见，尝试达成共识。
   • 明确利益诉求：在协商过程中，明确各自的利益诉求，尝试通过协商达成妥协方案。例如，可以探讨是否可以通过调整清算方案中的某些条款，如资产分配比例、清算时间等，来满足不同意股东的合理诉求。

3. 依据法定比例强行通过

   • 法定比例表决：如果公司章程没有明确规定，或者规定不明确，但符合法定比例（如代表三分之二以上表决权的股东）的股东同意清算，可以作出清算的股东会决议。此步骤强调法定比例的表决权，确保决策过程的合法性和有效性。

4. 寻求司法途径

   • 提起解散公司诉讼：当协商和法定比例表决均无法达成一致时，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东可以向人民法院提起解散公司的诉讼。法院将审查公司是否经营管理发生严重困难，继续存续是否会使股东利益受到重大损失，以及是否通过其他途径无法解决等问题。
   • 法院判决与清算：如果法院认定符合法定情形，可能会判决公司解散并进入清算程序。此时，清算程序将依法进行，不受部分股东反对的影响。

5. 强制清算程序中的配合义务与法律责任

   • 配合义务：在强制清算程序中，即使股东不同意清算，也有义务配合清算组的工作，提供相关财务资料、文件等。这是股东的法定义务，必须履行。
   • 法律责任：如果股东拒绝履行配合义务，法院有权根据情节轻重对相关责任人予以罚款、拘留；构成犯罪的，依法追究刑事责任。同时，不配合清算的股东还可能会被认定为怠于履行清算义务，从而对公司债务承担连带清偿责任，并可能受到工商行政管理部门等相关部门的处罚，影响公司及股东的信用记录。

6. 其他注意事项

   • 书面催告：在股东不配合清算时，其他股东可先书面催告，明确催告期限（如15日至30日）。催告后仍不配合，可申请法院指定清算组进行清算。
   • 收集证据：在处理过程中，应收集相关证据，如公司经营状况的证据、符合清算条件的证据等，以便在协商或诉讼过程中更好地维护自身权益。

在处理部分股东不同意清算方案的问题时，应综合运用公司章程、协商沟通、法定比例表决、司法途径等多种手段来解决问题。同时，确保所有操作符合法律法规，注重证据的收集和保存，以维护公司和股东的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。