违法所得与补缴税款的处理需分情况讨论，核心结论如下：

1. 违法所得的认定与处理
   根据《刑法》第六十四条及《行政处罚法》第二十八条，违法所得是指通过违法行为直接或间接获得的财产性利益。处理方式包括：

   • 刑事领域：若涉及犯罪（如逃税罪、虚开发票罪等），违法所得需依法追缴，上缴国库；若违法所得已用于偿还债务或转移，仍需追缴等值财产。
     
   • 行政领域：税务机关可依据《税收征收管理法》第六十三条，对偷税行为处以不缴或少缴税款50%至5倍的罚款，并追缴违法所得（如加收滞纳金）。
     

2. 补缴税款的法律后果
   补缴税款是履行法定义务的行为，但需注意：

   • 行政责任：补缴税款本身不免除行政处罚（如罚款），但可能作为从轻或减轻处罚的情节（如《税务行政处罚裁量权行使规则》第十一条）。
     
   • 刑事责任：根据《刑法》第二百零一条，逃税罪的入罪标准为“数额较大且占应纳税额10%以上”。若纳税人在税务机关下达追缴通知后补缴税款、缴纳滞纳金并接受行政处罚，可不予追究刑事责任（但五年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或被税务机关给予二次以上行政处罚的除外）。
     

3. 处理流程建议

   • 主动配合：发现违法后，应立即向税务机关申报并补缴税款，减少滞纳金和罚款金额。
     
   • 证据留存：保存补缴税款的凭证、税务机关出具的文书等，以备后续争议或刑事风险防范。
     
   • 法律救济：若对税务机关的处罚决定不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
     

提示：具体处理需结合违法性质、金额、主观恶意等因素综合判断。若涉及复杂情形（如跨境税务、关联交易等），建议提供详细信息进一步分析。