中标后质疑期能否签合同，需根据质疑的性质、影响及法律规定来判断，一般而言，在质疑处理期间应暂停签订合同，但在某些特殊情况下，经相关部门批准并采取风险防范措施后，仍可签订合同。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定与原则
《中华人民共和国招标投标法》第四十六条：招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。这一条款明确了合同签订的时间框架，但并未直接涉及质疑期内的合同签订问题。然而，从法律精神上看，合同签订应建立在合法、有效的中标结果基础上。
《中华人民共和国招标投标法实施条例》第五十七条：强调了合同内容与招标文件、投标文件的一致性，并指出在质疑处理期间签订合同可能影响质疑处理的公正性和有效性。这暗示了在质疑处理期间，应谨慎对待合同签订问题，以避免潜在的法律风险。
《中华人民共和国政府采购法实施条例》第五十四条：明确规定，询问或质疑事项可能影响中标结果的，采购人应当暂停签订合同。这一条款直接针对质疑期内的合同签订问题，为招标人提供了明确的法律指引。
二、特殊情况下的合同签订
尽管在质疑处理期间应暂停签订合同，但在某些特殊情况下，仍可考虑签订合同：
质疑缺乏依据：若质疑方提出的质疑缺乏事实或法律依据，经过审查确认中标结果合法有效，招标人在向质疑方作出合理回应后，可与中标人签订合同。例如，质疑仅基于主观猜测而无实质性证据支持的情况。
紧急情况：对于某些特殊的紧急项目，如抢险救灾、疫情防控等，因时间紧迫，延迟签订合同可能导致公共利益受损或项目无法正常进行。在此类情况下，招标人可经过相关主管部门的批准，并采取必要的风险防范措施后，与中标人签订合同。
三、实际操作建议与注意事项
质疑处理：招标人应对质疑事项进行及时、公正的判定，评估其对中标结果的可能影响。若认为质疑可能成立或财政部门要求暂停，应立即暂停合同签订流程。
沟通解释：在等待质疑处理期间，招标人与中标人应保持密切沟通，及时澄清和解释相关问题，以消除误解和疑虑，为后续的合同签订打下良好基础。
合同一致性：在签订合同时，必须确保合同内容与招标文件和中标人的投标文件完全一致，不得进行任何实质性修改，以维护招标的公正性和合同的法律效力。
风险防范：在特殊情况下决定签订合同时，招标人应充分考虑潜在的法律风险和纠纷，采取相应的风险防范措施，如增加违约责任条款、设立履约保证金等。
举例说明：假设某政府采购项目中标后，有供应商提出质疑，认为中标人的报价存在不合理低价情况。在此情况下，招标人应暂停合同签订流程，对质疑事项进行调查。若调查结果显示质疑不成立，中标结果合法有效，且项目无紧急情况，则招标人应在中标通知书发出之日起三十日内与中标人签订合同。若调查结果显示质疑成立，中标结果可能被撤销或变更，则招标人应等待投诉处理完毕后再行决定是否与中标人签订合同或重新招标。
综上所述，中标后质疑期能否签合同需根据具体情况灵活处理。在遵循法律规定和原则的基础上，结合实际情况和风险防范措施，做出合理的决策。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。