诉讼时效可以在庭审结束后书面代理意见中提出，但需注意其法律效果和实际操作中的考量。以下是对这一问题的详细分析：

1. 诉讼时效的基本规定：

   • 诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。在法律规定的诉讼时效期间内，权利人提出请求的，人民法院就强制义务人履行所承担的义务。而在法定的诉讼时效期间届满之后，权利人行使请求权的，人民法院就不再予以保护。

2. 庭审结束后提出诉讼时效的合法性：

   • 从法律程序的角度来看，庭审结束后在书面代理意见中提出诉讼时效问题，并不违反法律程序的规定。代理意见是律师或当事人在诉讼过程中，就案件事实、法律适用等问题向法院提交的书面意见，其提交时间并不严格限定于庭审过程中。
   • 然而，需要注意的是，诉讼时效的抗辩通常应在对方提出请求时及时提出，以避免对方因不知情而继续投入诉讼资源。如果在一审庭审过程中，被告未提出诉讼时效抗辩，而在庭审结束后才提出，虽然法律上并不禁止，但可能被视为对诉讼权利的滥用，且可能不利于法院对案件的公正、高效审理。

3. 实际操作中的考量：

   • 时效抗辩的及时性：在诉讼中，被告应尽早提出诉讼时效抗辩，以便法院及时审查并作出判断。如果庭审结束后才提出，可能会给法院的审理工作带来不必要的麻烦，也可能影响被告自身的诉讼利益。
   • 代理意见的针对性：书面代理意见应针对案件的关键问题、争议焦点进行阐述，提出明确的法律观点和证据支持。如果诉讼时效问题并非案件的核心争议点，且在一审庭审过程中未被提及，那么在庭审结束后才将其作为代理意见的重点提出，可能缺乏针对性和说服力。
   • 二审或再审中的提出：如果一审过程中未提出诉讼时效抗辩，而在二审或再审过程中提出，法院可能会根据具体情况进行审查。但一般来说，除非有新的证据或事实出现，否则法院可能不会轻易支持被告在二审或再审中提出的诉讼时效抗辩。

4. 法律建议：

   • 对于被告而言，如果认为原告的请求已超过诉讼时效期间，应在一审庭审过程中及时提出抗辩，并提供相关证据支持。
   • 如果因特殊原因未能在一审庭审过程中提出诉讼时效抗辩，应在庭审结束后尽快向法院提交书面代理意见，说明情况并提出抗辩。但需注意，此时提出抗辩的效果可能不如在一审庭审过程中提出。
   • 对于原告而言，应密切关注被告是否提出诉讼时效抗辩，并准备好相应的反驳证据和法律观点。

总结来说，虽然诉讼时效可以在庭审结束后书面代理意见中提出，但出于诉讼效率和公正性的考虑，建议被告尽早提出诉讼时效抗辩。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。