设备双方合作补充协议的签订是一个相对正式且需要细致处理的过程，旨在明确双方在原有合作基础上的新增或修改事项。以下是一份设备双方合作补充协议签订的基本流程和要点，供您参考：
一、明确补充协议的目的和内容
目的：首先，双方应明确签订补充协议的目的，比如是为了增加设备采购数量、调整设备规格、延长合作期限、修改付款条件等。
内容：根据目的，详细列出补充协议应包含的具体条款，如新增设备的型号、数量、价格、交货期、付款方式、质量保证、售后服务等。
二、协商并达成一致
沟通：双方应就补充协议的内容进行充分沟通，确保各自的需求和期望得到明确表达。
协商：针对可能存在的分歧点，双方应进行友好协商，寻求共识。必要时，可邀请专业人士或法律顾问参与协商。
达成一致：在充分沟通和协商的基础上，双方应就补充协议的所有条款达成一致意见。
三、起草补充协议文本
格式：补充协议通常采用书面形式，并应包含标题、双方信息、协议正文、签字盖章等部分。
条款：根据之前协商的结果，逐条撰写补充协议的条款，确保内容清晰、准确、无歧义。
法律合规：确保补充协议的内容符合相关法律法规的要求，特别是涉及合同变更、违约责任等方面的条款。
四、审核与修改
内部审核：双方应各自对补充协议文本进行内部审核，确保所有条款均符合自身利益和法律法规要求。
修改完善：根据审核结果，对补充协议文本进行修改和完善，直至双方均无异议。
五、签字盖章并生效
签字盖章：双方应安排法定代表人或授权代表在补充协议上签字，并加盖公章或合同专用章。
生效条件：明确补充协议的生效条件，如签字盖章后生效、需经特定机构审批后生效等。
留存备份：双方应各自留存补充协议的原件或复印件，以备后续查阅和履行。
六、履行与监督
履行：双方应按照补充协议的约定履行各自的义务，确保合作顺利进行。
监督：定期对补充协议的履行情况进行监督和检查，及时发现并解决问题。
七、争议解决
友好协商：如因补充协议产生争议，双方应首先通过友好协商解决。
法律途径：如协商无果，双方可按照补充协议中约定的争议解决方式（如诉讼、仲裁等）寻求法律途径解决。
综上所述，设备双方合作补充协议的签订需要双方充分沟通、协商并达成一致意见，然后起草、审核、修改完善文本，最后签字盖章并生效。在履行过程中，双方应严格遵守协议约定，确保合作顺利进行。