关于工程索赔费用是否需要开发票的问题，这主要取决于赔偿款的性质以及其与增值税应税行为的关系。

首先，如果工程索赔费用是由于商家未能严格按照合同约定提供物资或服务，从而导致购买方收取的违约罚金，这种赔偿款通常不属于应缴纳税费的范畴。在这种情况下，供应方无需开具发票，只需凭借经济合同以及相关的收款凭证等文件资料，便可在税前列支全部金额。购买方也无需获取发票，只需保留好相关凭证以备查账。

然而，如果工程索赔费用与销售货物、提供应税劳务、销售应税服务等增值税应税行为相关，比如因工程质量问题给予购买方的赔偿，这种赔偿本质上属于对销售价款的调整或补充。在这种情况下，销售方需要将赔偿款并入销售额，并按照规定向购买方开具发票。这可以是重新开具发票以反映折让后的金额，或者开具红字发票冲减销售额。

总的来说，判断工程索赔费用是否需要开发票，关键在于分析赔偿款的性质以及其与应税行为的关系。如果不确定如何处理，建议咨询专业的税务机构或律师，以确保合规性并避免潜在的税务风险。同时，无论是哪种情况，都建议保留好所有相关的合同、凭证和文件资料，以备不时之需。