结论前置：流转合同中写明“签订之日起承包合同作废”这一条款的合法性，需结合具体情境和法律规定综合判断。若该条款不违反法律法规强制性规定，且双方意思表示真实，则可能合法有效；反之，则可能无效或部分无效。以下从多个角度进行详细分析：
一、合同条款合法性的基本判断标准
不违反法律法规强制性规定：
- 合同条款必须严格遵守《土地管理法》、《农村土地承包法》等相关法律法规，不得改变土地农业用途，不得损害国家、集体及他人权益。若“签订之日起承包合同作废”的条款导致土地用途变更或损害第三方利益，则该条款可能因违法而无效。
意思表示真实：
- 合同签订过程中，双方意愿必须真实，排除欺诈、胁迫等不正当手段。若一方在签订流转合同时，以欺诈、胁迫等手段使对方在违背真实意思的情况下签订“签订之日起承包合同作废”的条款，则该条款可能因意思表示不真实而无效。
二、具体情境下的合法性分析
双方协商一致且不违反法律：
- 若流转方和受让方在平等、自愿的基础上，就土地流转事宜达成一致，并明确约定“签订之日起承包合同作废”，且该约定不违反法律法规强制性规定，不损害国家、集体及他人权益，则该条款可能合法有效。此时，原承包合同因双方的新约定而终止，流转合同成为双方权利义务的新依据。
存在违法或损害第三方利益情形：
- 若“签订之日起承包合同作废”的条款导致土地用途变更（如将农业用地转为建设用地），或损害了国家、集体及他人的合法权益（如未经同意擅自流转土地），则该条款可能因违法或损害第三方利益而无效。此时，原承包合同可能继续有效，或双方需就土地流转事宜重新协商并签订合法有效的合同。
三、法律建议
审查合同条款：
- 在签订流转合同前，双方应仔细审查合同条款，确保“签订之日起承包合同作废”等关键条款不违反法律法规强制性规定，不损害国家、集体及他人权益。如有疑问，可咨询专业律师进行法律审查。
明确双方权利义务：
- 流转合同应明确双方的权利义务，包括土地流转方式、期限、用途、价款支付方式、违约责任等。通过明确约定，减少因条款不明确而引发的纠纷。
办理相关手续：
- 根据《农村土地承包法》等相关法律法规的规定，土地流转需办理相关手续（如备案、登记等）。双方应依法办理相关手续，确保土地流转的合法性和有效性。
四、可能的法律后果
合同无效或部分无效：
- 若“签订之日起承包合同作废”的条款因违法或损害第三方利益而无效，则原承包合同可能继续有效，或双方需就土地流转事宜重新协商并签订合法有效的合同。此时，双方可能因合同无效或部分无效而承担相应的法律责任。
引发纠纷和诉讼：
- 若双方因“签订之日起承包合同作废”的条款产生纠纷，且无法通过协商解决，则可能引发诉讼或仲裁。在诉讼或仲裁过程中，双方需提供证据证明自己的主张，并承担相应的举证责任。
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