结论前置：公司以休年假未上报为由扣绩效是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若公司规章制度明确规定年假需提前上报且员工未履行该程序
   根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十条，用人单位经职工同意不安排年休假或安排休假天数少于应休天数的，需按日工资300%支付报酬。但若公司规章制度（需经民主程序制定并公示）明确要求员工提前申请年假，且员工未履行申报程序导致公司无法统筹安排工作，公司可能依据规章制度扣除部分绩效（需证明绩效与考勤或工作安排直接相关）。
   关键点：规章制度合法性（民主程序+公示）+ 绩效扣除与违规行为的因果关系。

2. 若公司规章制度未规定年假申报程序，或规定本身违法
   若公司未建立年假申报制度，或制度内容违反《职工带薪年休假条例》（如要求员工放弃年假），则员工休年假是法定权利，公司无权以“未上报”为由扣绩效。此时扣除行为涉嫌违法，员工可依据《劳动合同法》第三十八条主张权益。
   关键点：法定权利不可通过内部规定剥夺 + 违法制度的无效性。

3. 若公司以“未上报”为借口掩盖其他扣薪目的
   实践中存在公司以“未上报年假”为名，实际因员工业绩不达标或其他原因扣绩效。此时需区分扣薪真实原因：若与年假无关，公司行为涉嫌违法；若与年假相关，仍需回归前两种情形判断。
   关键点：穿透表面理由，核实扣薪实质依据。

建议行动：

• 核查公司《员工手册》或相关制度中关于年假申报及绩效扣除的规定；
  
• 保留考勤记录、工资条、沟通记录等证据；
  
• 若公司行为违法，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  

如有进一步细节（如制度内容、扣薪金额等），可向我补充说明，我会结合具体情形分析。