中秋节支付了三倍工资，并不意味着会扣底薪。以下是对这一问题的详细分析：

1. 法定节假日加班工资的计算：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，用人单位应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。中秋节作为法定节假日，如果劳动者在这一天被安排工作，那么其加班工资应按照不低于本人日或小时工资的300%来计算。
   • 这部分三倍工资是额外的加班费，与劳动者的底薪是分开的，不会因为支付了三倍工资就扣除底薪。

2. 调休日加班工资的计算：

   • 如果中秋节的假期被调整至其他日期，如通过调休安排在中秋前后的周末，那么这一天就变为普通的休息日。此时若安排劳动者工作，按照法律规定，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬作为加班费。
   • 同样，这部分二倍工资也是额外的加班费，不会影响劳动者的底薪。

3. 单位内部规定的影响：

   • 除了法律规定的加班费标准外，实际到手的加班费还可能受到单位内部规定的影响。例如，有的单位可能会提供额外的节日福利或补贴，这些都不会与底薪产生冲突。
   • 因此，劳动者在查看单位的具体规定或咨询人事部门的同时，也应参考员工手册，以确保自己对加班费有准确的了解与期待。

法律建议：

• 如果劳动者在中秋节当天或调休日被安排工作，并只收到了三倍或二倍的加班费，而没有扣除底薪，那么这是符合法律规定的。
• 如果劳动者发现单位在支付了三倍或二倍加班费后，又扣除了底薪，那么劳动者有权向单位提出异议，并要求单位按照法律规定支付完整的工资和加班费。
• 如果单位拒绝改正，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总之，中秋节支付了三倍工资并不意味着会扣底薪。劳动者在遇到相关问题时，应了解自己的权益和法律规定，并积极维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。