中等职业学校保安上班12小时是否合法，需根据具体情况及工时制度来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 标准工时制下的合法性

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。在标准工时制下，中等职业学校保安每天上班12小时显然超出了法定工作时间，因此是不合法的。

2. 特殊工时制下的合法性

   • 某些企业因生产经营特点，可申请实行不定时工作制或综合计算工时工作制，但需经劳动行政部门审批。若中等职业学校保安岗位经审批实行这些特殊工时制，并且在计算周期内平均日工作时间和平均周工作时间与法定标准基本相同，那么保安上班12小时可能不违法。但需注意，即使实行特殊工时制，若计算周期内总工时超出法定标准，超出部分仍应算作加班，并依法支付加班工资。

3. 加班及报酬支付规定

   • 无论采用何种工时制，若用人单位安排保安延长工作时间，都应依法支付加班工资。具体标准如下：
     • 延长工作时间（即加点）的，支付不低于工资的150%的工资报酬；
     • 休息日安排工作，又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬；
     • 法定休假日安排工作的，支付不低于工资的300%的工资报酬。
   • 如果用人单位未按规定支付加班工资，那么即使采用了特殊工时制，保安上班12小时的安排也是不合法的。

4. 劳动者权益保护

   • 保安如认为用人单位的工时安排和加班报酬支付不合理、不合法，有权与用人单位协商。协商不成时，保安可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总结与建议：

• 在大多数情况下，中等职业学校保安每天上班12小时是违法的，因为违反了《劳动法》关于工作时间的规定。
• 若保安岗位经审批实行特殊工时制，并且符合相关法律规定，那么保安上班12小时可能不违法，但用人单位仍需确保劳动者的休息休假权利，并依法支付加班工资。
• 保安应了解自己的合法权益，如遇不合理、不合法的工时安排和加班报酬支付，应积极与用人单位协商或寻求法律援助。

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