公司破坏水田的赔偿问题需根据具体情形确定，核心赔偿原则是恢复原状并赔偿损失，具体赔偿方式需结合破坏程度、用途及法律规定综合判断。以下分情况详细说明：

1. 若公司破坏水田属于违法行为（如未经批准非法占用、改变用途）
   根据《土地管理法》第七十五条，破坏耕地（包括水田）的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正或治理，恢复原种植条件；逾期不改正的，可并处罚款（罚款额为耕地开垦费的5倍以上10倍以下）。若造成损失（如农作物减产、土地肥力下降等），公司还需按实际损失赔偿，包括直接损失（如农作物价值）和间接损失（如土地复垦费用、未来收益损失等）。

2. 若公司破坏水田是因合法项目（如基础设施建设）但未依法补偿
   根据《土地管理法》第四十八条，征收土地应给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低。水田的补偿标准通常包括：

   • 土地补偿费：按水田被征收前3年平均年产值的6-10倍计算；
     
   • 安置补助费：按需要安置的农业人口数计算，标准为水田前3年平均年产值的4-6倍；
     
   • 地上附着物和青苗补偿费：按实际损失赔偿（如水稻、灌溉设施等）。
     若公司未依法支付补偿，可要求其补足差额，或通过行政复议、诉讼主张权利。

3. 若公司破坏水田导致环境污染（如污水灌溉、化学物质泄漏）
   根据《民法典》第一千二百二十九条，污染环境造成损害的，侵权人（公司）需承担侵权责任，赔偿范围包括：

   • 财产损失：如农作物死亡、土地修复费用；
     
   • 人身损害：若污染导致健康受损，需赔偿医疗费、误工费等；
     
   • 惩罚性赔偿：若公司故意污染环境，被侵权人可主张惩罚性赔偿（需以实际损失为基础，综合侵权情节确定）。

行动建议：

• 第一步：固定证据（如现场照片、视频、土壤检测报告、损失清单等）；
  
• 第二步：向当地自然资源部门举报违法行为，要求查处并恢复土地；
  
• 第三步：若涉及补偿或侵权，可与公司协商，协商不成可向法院起诉（注意3年诉讼时效）。
  

如有具体细节（如破坏原因、土地性质、损失金额等），可进一步向我咨询，我会结合案例和法律条文为您详细分析。