核心结论：面对建筑工程合同中明显会造成施工单位亏损的条款，施工单位可通过协商修改、审查条款合法性、评估风险并制定应对策略、准备证据材料以备争议解决等多种方式来处理，以降低亏损风险，保障自身合法权益。以下是具体分析：

1. 协商修改条款

   • 主动沟通：施工单位在发现合同条款可能导致亏损后，应第一时间与建设单位进行友好、坦诚的沟通。向建设单位详细说明该条款对施工单位造成的不合理负担以及可能引发的后果，如影响工程质量、工期延误等，争取建设单位的理解。
   • 提出修改建议：根据实际情况，提出合理、可行的修改方案。例如，如果是关于工程价款的条款导致亏损，可以提出调整计价方式、增加工程变更价款的调整机制等；如果是关于工期条款过于苛刻，可建议合理延长工期并明确相应的工期顺延条件。
   • 达成书面协议：若双方就条款修改达成一致意见，务必签订书面的补充协议，明确修改后的条款内容，避免日后产生争议时口说无凭。

2. 审查条款合法性

   • 依据法律法规：仔细研究相关法律法规，如《中华人民共和国民法典》《中华人民共和国建筑法》等，判断造成亏损的条款是否违反了法律的强制性规定或公序良俗。例如，某些条款可能存在显失公平、恶意串通损害国家、集体或第三人利益等情形，这些条款在法律上是无效的。
   • 咨询专业意见：如果施工单位自身对法律条文的理解不够准确或存在疑问，可以咨询专业的法律人士，如律师或法律顾问，获取更权威的法律意见，以确定该条款的合法性。
   • 主张权利：一旦确认条款违法，施工单位有权拒绝履行该条款，并可要求建设单位按照合法、合理的原则重新协商合同内容。若建设单位拒绝，施工单位可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。

3. 评估风险并制定应对策略

   • 全面风险评估：对合同中可能导致亏损的条款进行全面的风险评估，分析其可能对施工单位造成的经济损失、工期影响、声誉损害等方面的风险程度。例如，评估因材料价格大幅上涨导致亏损的风险，考虑市场价格波动的趋势、合同中是否有价格调整机制等因素。
   • 制定应对措施：根据风险评估结果，制定相应的应对策略。如果风险较小且可控，施工单位可以考虑通过加强内部管理、优化施工方案等方式降低成本，尽量减少亏损；如果风险较大且难以承受，施工单位可以与建设单位协商解除合同，但需注意解除合同的法律后果和责任承担问题，避免因解除合同不当而承担额外的法律责任。
   • 预留风险准备金：在合同履行过程中，施工单位可以根据风险评估情况，预留一定比例的风险准备金，以应对可能出现的亏损情况。风险准备金的金额应根据风险程度和施工单位的财务状况合理确定。

4. 准备证据材料以备争议解决

   • 收集合同文件：妥善保管与该建筑工程合同相关的所有文件，包括合同正本、补充协议、招投标文件、往来函件等，这些文件是证明合同条款内容和双方权利义务关系的重要证据。
   • 记录施工过程：在施工过程中，做好详细的施工记录，包括工程进度、质量检验报告、材料采购凭证、人员考勤记录等。这些记录可以作为证明施工单位实际履行合同情况以及亏损原因的证据。
   • 保留沟通记录：与建设单位就合同条款修改、风险沟通等方面的往来函件、会议纪要、聊天记录等也应妥善保存，以证明施工单位在发现问题后积极采取措施维护自身权益的努力。

在处理建筑工程合同中明显会造成亏损的条款时，施工单位应保持冷静、理性，综合运用上述多种方法，积极维护自身的合法权益。如果你还有其他关于建筑工程合同方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。