若工资超过5000元但未纳税，在诉讼中提供银行流水作为证据时，法院会根据具体案件情况，结合证据效力、法律规定及是否存在主观故意等因素综合判定，可能存在以下两种处理方向：

1. 若证据真实合法且无主观逃税故意，法院可能认可流水真实性，但会建议补缴税款或移交税务部门处理
   根据《个人所得税法》规定，居民个人工资薪金所得超过5000元的部分需缴纳个人所得税。若您能提供真实、完整的银行流水证明收入情况，法院在民事诉讼中（如劳动争议、合同纠纷等）通常会认可流水作为收入证明的效力，用于认定案件事实（如工资标准、赔偿基数等）。但需注意：法院本身无权直接对未纳税行为进行处罚，若发现逃税线索，可能依据《税收征收管理法》将案件移送税务机关处理，由税务机关追缴税款、滞纳金并处罚款。若您能证明未纳税系因不知情或客观原因（如单位未代扣代缴），且主动配合补缴，法院一般不会因此否定流水证据的效力。

2. 若存在伪造流水或主观逃税故意，法院可能否定证据效力，并依法追究法律责任
   若银行流水存在伪造、变造（如通过PS、虚假转账记录等手段虚构收入），或您明知应纳税而通过现金结算、隐瞒收入等方式逃避纳税义务，法院可能依据《民事诉讼法》及《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，以“证据不真实、不合法”为由排除流水证据。同时，若逃税行为涉嫌犯罪（如逃税数额较大且占应纳税额10%以上），法院可能依据《刑事诉讼法》将案件移送公安机关立案侦查，您可能面临刑事处罚（如有期徒刑、罚金等）。

温馨提示：

• 民事诉讼中，法院主要审查证据与案件事实的关联性，纳税情况通常不影响收入证明的效力，但可能影响您的社会信用评价；
  
• 若涉及税务争议（如单位未代扣代缴），可单独向税务机关举报或申请行政复议；
  
• 建议尽快梳理收入情况，主动向税务机关申报纳税，避免因小失大。
  

如有进一步疑问（如具体案件分析、证据准备等），可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供更详细的解答。