在交通事故赔偿案件中，若工资超过五千但没有纳税证明，仅有工资条而无工资流水，法院是否会认定实际收入，需分情况讨论：

1. 工资条的真实性与完整性：

   • 工资条作为记录工资发放情况的书面凭证，如果其内容真实、完整，且能够清晰反映工资的构成、发放时间、发放金额等关键信息，那么它将是证明实际收入的重要证据。
   • 法院在审理案件时，会综合考虑工资条的真实性、合理性以及与其他证据的关联性，来判定其能否作为认定实际收入的依据。

2. 工资流水的缺失与替代证据：

   • 工资流水是证明工资发放情况的直接证据，具有较高的证明力。然而，在没有工资流水的情况下，并不意味着无法证明实际收入。
   • 除了工资条外，还可以提供其他替代证据，如劳动合同中约定的工资标准、单位出具的工资证明、同事的证言等，以佐证工资条的真实性。
   • 如果能够提供这些替代证据，且它们之间能够相互印证，形成完整的证据链，那么法院在认定实际收入时，会给予充分的考虑。

3. 纳税证明的作用与缺失影响：

   • 纳税证明是证明个人收入已依法纳税的凭证，但它并不是认定实际收入的唯一依据。
   • 在没有纳税证明的情况下，法院不会直接否定实际收入的存在。相反，法院会结合其他证据，如工资条、劳动合同、单位证明等，来综合判断实际收入的情况。
   • 如果工资确实超过了五千元，但因各种原因未缴纳税款，这并不影响法院对实际收入的认定。然而，未依法纳税可能面临税务部门的处罚，这是另一个法律问题，与交通事故赔偿案件中的收入认定无直接关联。

4. 法院的自由裁量权与证据规则：

   • 法院在审理案件时，会根据证据规则和自由裁量权，对提交的证据进行综合分析判断。
   • 如果工资条和其他替代证据能够充分证明实际收入，且没有相反的证据予以推翻，那么法院会倾向于认定实际收入的存在和金额。
   • 反之，如果证据不足或存在矛盾，法院可能会根据现有证据和案件情况，作出合理的推断和认定。

法律建议：

• 在准备证据时，应尽可能收集和提供与工资收入相关的所有证据，包括工资条、劳动合同、单位证明、同事证言等，以形成完整的证据链。
• 如果工资确实超过了五千元，但因各种原因未缴纳税款，建议尽快与税务部门沟通，了解补缴税款的相关程序和要求，以避免可能的法律风险。
• 在诉讼过程中，应积极配合法院的审理工作，如实陈述事实，提供真实、有效的证据，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果证据充分、合理，且能够得到法院的认可，那么法院在认定实际收入时，会给予充分的考虑，并据此作出相应的赔偿判决。
• 如果证据不足或存在矛盾，法院可能会根据现有证据和案件情况，作出不利于你的推断和认定，从而影响赔偿金额的确定。因此，在准备证据时务必谨慎、全面。