结论：在二轮延包时，2006年迁入设区的市的村民，其承包地是否收回，需根据具体情况判断，一般情况下，不会直接收回承包地，但若全家迁入设区的市并转为非农业户口，则应当将承包的耕地和草地交回发包方。
分析说明：
一般情况下的承包地处理：
- 根据《中华人民共和国农村土地承包法》的相关规定，承包期内，承包方全家迁入小城镇落户的，应当按照承包方的意愿，保留其土地承包经营权或者允许其依法进行土地承包经营权流转。这意味着，如果村民只是迁入设区的市的小城镇，并未转为非农业户口，其承包地通常不会被收回。
全家迁入设区的市并转为非农业户口的情况：
- 同样根据《中华人民共和国农村土地承包法》，承包期内，承包方全家迁入设区的市，转为非农业户口的，应当按照承包方的意愿，将其承包的耕地和草地交回发包方。如果承包方不交回，发包方可以收回承包的耕地和草地。这是为了保障农村土地资源的合理利用，避免土地闲置或浪费。
特殊情况下的处理：
- 如果承包方在迁入设区的市后，仍然依赖原承包地作为生活来源，或者存在其他特殊情况，如承包方在迁入地未获得相应的土地保障等，发包方在收回土地时可能需要考虑这些因素，并可能根据实际情况做出适当调整。但这种情况并非法律明确规定，而是需要发包方和承包方之间进行协商和沟通。
行动建议：
- 如果您或您的家庭在二轮延包时迁入了设区的市，并担心承包地的问题，建议您首先了解自己和家庭成员的户口情况。
- 如果全家已经转为非农业户口，那么根据法律规定，您可能需要将承包的耕地和草地交回发包方。在此过程中，建议您与发包方进行充分沟通，了解具体的交回程序和可能获得的补偿等。
- 如果全家并未转为非农业户口，或者存在其他特殊情况，那么您的承包地可能不会被收回。但为了确保自己的权益，建议您仍然与发包方保持联系，并了解相关政策的变化。
法律后果：
- 如果承包方不按照法律规定交回承包的耕地和草地，发包方有权依法收回，并可能对承包方进行相应的处罚或要求赔偿。
- 如果发包方在收回土地过程中存在违法行为或不当行为，承包方有权依法维护自己的权益，包括通过法律途径提起诉讼等。
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