在生态保护红线内发生的违法行为，一般由生态环境主管部门、自然资源主管部门、林业草原主管部门或水行政主管部门等根据具体违法情形进行处理。以下是对此问题的详细分析：
一、生态保护红线内违法行为的处理主体
生态保护红线是保障和维护国家生态安全的底线和生命线，对于在生态保护红线内发生的违法行为，根据违法行为的性质和具体情形，可能涉及多个主管部门的处理。
生态环境主管部门：
- 生态环境主管部门是生态保护红线管理的主要部门，负责生态保护红线的划定、调整、保护和监督管理工作。
- 对于在生态保护红线内违反生态环境保护法律法规的行为，如非法排污、破坏生态环境等，生态环境主管部门有权进行查处，并依法给予行政处罚。
自然资源主管部门：
- 自然资源主管部门负责自然资源的统一确权登记、自然资源有偿使用制度实施和监管等工作。
- 在生态保护红线内，如果违法行为涉及非法占用土地、矿产资源等自然资源，自然资源主管部门将依法进行查处。
林业草原主管部门：
- 林业草原主管部门负责森林、草原、湿地等生态系统的保护和修复工作。
- 在生态保护红线内，如果违法行为涉及非法砍伐林木、破坏草原等，林业草原主管部门将依法进行查处。
水行政主管部门：
- 水行政主管部门负责水资源的保护和管理工作。
- 在生态保护红线内，如果违法行为涉及非法取水、污染水源等，水行政主管部门将依法进行查处。
二、不同违法情形的处理方式
非法排污行为：
- 如果违法行为是在生态保护红线内非法排放污染物，生态环境主管部门将依法进行查处，可能包括责令停止排污、罚款、责令限期治理等措施。
非法占用土地或矿产资源行为：
- 如果违法行为是在生态保护红线内非法占用土地或矿产资源，自然资源主管部门将依法进行查处，可能包括责令退还非法占用的土地、没收违法所得、罚款等措施。
非法砍伐林木或破坏草原行为：
- 如果违法行为是在生态保护红线内非法砍伐林木或破坏草原，林业草原主管部门将依法进行查处，可能包括责令补种树木、恢复草原植被、罚款等措施。
非法取水或污染水源行为：
- 如果违法行为是在生态保护红线内非法取水或污染水源，水行政主管部门将依法进行查处，可能包括责令停止违法行为、罚款、责令限期治理等措施。
三、法律建议
了解相关法律法规：
- 在生态保护红线内进行任何活动前，应充分了解相关法律法规，确保活动合法合规。
及时咨询专业律师：
- 如果对生态保护红线内的法律问题存在疑问或困惑，建议及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和指导。
积极配合主管部门调查：
- 如果因违法行为被主管部门调查，应积极配合调查工作，如实陈述事实，提供相关证据材料，以便主管部门依法作出处理决定。
如果您在生态保护红线内遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和指导。