结论概述：金石亚药大宗交易折价成交100万股，成交额1000万元，成交价较市场收盘价折价21.94%，该交易本身若符合交易所规定及公司章程等内部规定，则程序上合法合规。以下从多个维度进行详细分析：
一、大宗交易折价成交的合法性基础
交易所规定：根据证券交易所的相关规定，大宗交易是指达到规定的最低限额的证券单笔买卖申报，买卖双方经过协议达成一致并经交易所确定成交的证券交易。大宗交易的价格可以由买卖双方自行协商确定，因此折价成交并不违反交易所的规定。
公司章程与内部规定：除了交易所的规定外，公司章程及内部规定也可能对大宗交易有具体的要求。只要该交易符合公司章程及内部规定，且没有违反法律法规的强制性规定，那么该交易在程序上就是合法合规的。
二、折价成交的可能原因及法律分析
市场供需关系：折价成交可能反映了市场供需关系的变化。当卖方急于出售而买方相对谨慎时，卖方可能会选择折价出售以吸引买方。这种市场行为本身并不违法。
股东减持需求：股东可能出于自身资金需求、投资策略调整等原因需要减持股份。在减持过程中，为了尽快成交，股东可能会选择折价出售。只要减持行为符合相关法律法规及交易所的规定，如提前公告、遵守减持比例限制等，那么这种折价成交就是合法的。
信息披露与合规性：在折价成交过程中，公司及相关方需要确保信息披露的充分性和准确性。如果存在未披露或虚假披露的情况，可能会引发法律纠纷和监管处罚。因此，公司及相关方需要严格遵守信息披露的相关规定。
三、对金石亚药大宗交易折价成交的具体分析
交易程序合规性：根据新闻背景，金石亚药的大宗交易已经成交，且成交额、成交价等关键信息均已公开。从程序上看，只要该交易符合交易所的规定及公司章程等内部规定，且没有违反法律法规的强制性规定，那么该交易就是合法合规的。
折价幅度合理性：折价幅度是买卖双方协商的结果，反映了市场供需关系及股东减持需求等因素。在本案中，折价幅度为21.94%，虽然相对较大，但并不违反法律法规的规定。只要买卖双方自愿、平等地达成交易，且没有损害公司及其他股东的利益，那么这种折价幅度就是合理的。
四、法律建议与风险提示
对于公司而言：公司应确保大宗交易符合交易所的规定及公司章程等内部规定，严格遵守信息披露的相关要求，避免引发法律纠纷和监管处罚。
对于投资者而言：投资者在参与大宗交易时，应充分了解交易对方的背景、交易目的及交易条件等信息，谨慎评估交易风险，避免盲目跟风或冲动交易。
风险提示：虽然大宗交易折价成交本身并不违法，但如果存在内幕交易、操纵市场等违法行为，那么相关方可能会面临法律制裁。因此，公司及相关方应严格遵守法律法规的规定，确保交易的合法性和合规性。
综上所述，金石亚药大宗交易折价成交在程序上若符合交易所规定及公司章程等内部规定，则是合法合规的。公司及相关方应严格遵守法律法规的规定，确保交易的合法性和合规性，以维护市场的稳定和公平。如有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。