使用未经注册的医疗器械，即便二年内未被发现，仍然会面临处罚。以下是对此问题的详细分析：
法律背景
根据《医疗器械监督管理条例》的相关规定，医疗器械的注册是确保其安全性和有效性的重要环节。未经注册的医疗器械，因其未经过严格的审查和评估，可能存在安全隐患，因此法律对其使用有严格的限制和处罚措施。
处罚依据
行政处罚：
- 根据《医疗器械监督管理条例》第八十一条，对于使用未经注册的医疗器械的行为，药品监督管理部门将责令改正，没收违法使用的医疗器械，并处货值金额5倍以上20倍以下的罚款。若货值金额不足5万元的，按5万元计算。
- 这一处罚措施并不受时间限制，即无论是否在二年内被发现，只要存在使用未经注册医疗器械的行为，都将受到处罚。
刑事责任：
- 在某些严重情况下，如使用未经注册的医疗器械导致患者健康受损或死亡，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
- 刑事责任的追究同样不受时间限制，只要行为构成犯罪，无论何时被发现，都将受到法律的制裁。
实际案例与后果
- 在实际执法过程中，药品监督管理部门会定期进行医疗器械的监督检查，一旦发现使用未经注册的医疗器械，将立即进行查处。
- 处罚的严厉程度取决于违法行为的性质、情节以及造成的后果。对于情节严重、造成严重后果的违法行为，处罚将更为严厉。
建议与提醒
- 严格遵守法律法规：医疗机构和医务人员应严格遵守医疗器械的注册和使用规定，确保使用的医疗器械均经过合法注册和审批。
- 加强内部管理：建立健全医疗器械管理制度，定期对使用的医疗器械进行自查和清理，确保不使用未经注册的医疗器械。
- 及时咨询与报告：如发现使用的医疗器械存在安全隐患或未经注册的情况，应立即停止使用，并及时向药品监督管理部门报告。
若您在使用医疗器械过程中遇到任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。