工资结清证明一般不能直接证明员工加班费已清及年休假工资已结。以下从不同角度对此问题进行分析：
工资结清证明的法律性质与内容
工资结清证明是用人单位与劳动者之间就工资支付情况达成的一种书面确认。它通常表明，在某一特定时间点，用人单位已经向劳动者支付了应得的工资，包括基本工资、奖金、津贴等。然而，工资结清证明并不必然包含加班费及年休假工资的支付情况，除非在证明中明确列出了这些项目并确认已支付。
加班费与年休假工资的特殊性
加班费：加班费是劳动者在超出正常工作时间外工作所应得的额外报酬。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位安排劳动者加班的，应当按照法定标准支付加班费。加班费的支付与正常工资的支付是分开的，因此，仅凭工资结清证明，并不能直接证明加班费已经支付。
年休假工资：年休假是劳动者依法享有的休息休假权利。根据规定，劳动者在年休假期间，用人单位应当按照劳动者正常工作期间的工资收入支付年休假工资。同样地，年休假工资的支付也与正常工资的支付是分开的，工资结清证明并不能直接证明年休假工资已经支付。
证明加班费及年休假工资已结的证据
要证明加班费及年休假工资已经支付，劳动者可以提供以下证据：
加班记录：如加班申请单、加班审批单、加班考勤记录等，这些证据可以证明劳动者确实存在加班行为。
工资条或银行转账记录：如果工资条或银行转账记录中明确列出了加班费及年休假工资的支付情况，那么这些证据可以直接证明这些费用已经支付。
其他书面证据：如用人单位出具的关于加班费及年休假工资支付的书面确认书等。
法律建议
劳动者：在签署工资结清证明时，应仔细阅读证明内容，确保其中明确列出了加班费及年休假工资的支付情况。如果证明中未包含这些内容，劳动者可以要求用人单位补充或另行出具相关证明。
用人单位：在出具工资结清证明时，应确保证明内容的完整性和准确性。如果劳动者存在加班或未休年休假的情况，用人单位应在证明中明确列出加班费及年休假工资的支付情况，以避免后续纠纷。
若劳动者与用人单位就加班费及年休假工资的支付问题产生争议，劳动者可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。