当在诉讼过程中发现部分被告人不合格（即主体不适格）时，法院会根据具体情况采取一系列严谨且合法的处理措施。以下是对这一问题的详细解答：
一、处理方式
裁定撤销原判决，发回重审
- 适用情形：若原判决在认定基本事实上存在不清，或者存在严重违反法定程序（例如遗漏了必须参加诉讼的当事人）的情形，且这些情形可能对案件的正确判决产生实质性影响。
- 法律后果：二审法院会作出裁定，撤销原判决，并将案件发回原审人民法院进行重新审理。在重新审理的过程中，原审法院应当追加或变更适格的被告，以确保诉讼的公正性和合法性。
依法改判
- 适用情形：若原判决在认定事实上清楚无误，但适用法律存在错误，或者虽然存在程序上的瑕疵但并未影响案件的正确判决。
- 处理步骤：二审法院可以直接对案件进行改判，驳回对不适格被告的诉讼请求。如果案件中还存在其他适格被告，且其责任可以独立认定，二审法院也可以在纠正被告主体错误后，直接作出相应的判决。
释明并引导当事人变更或追加被告
- 适用情形：在二审过程中，如果法院发现被告主体不适格，但案件事实相对清晰，且存在其他可能承担责任的主体。
- 处理步骤：二审法院会向当事人释明相关的法律规定，告知其变更或追加适格被告的权利和义务。如果当事人同意变更或追加被告，二审法院会根据具体情况决定是否准许，并依法作出相应的判决。
调解结案
- 适用情形：如果双方当事人均同意通过调解方式解决纠纷，且调解协议的内容不违反法律法规的强制性规定。
- 处理结果：二审法院可以制作调解书，明确双方当事人的权利义务关系，从而终结诉讼程序。
二、法律依据
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十七条：该条款明确规定了第二审人民法院对上诉案件的审理方式和处理结果。如果原判决、裁定在认定事实或适用法律上存在错误，二审法院可以依法改判、撤销或者变更；如果原判决认定基本事实不清，或者存在严重违反法定程序的情形，二审法院可以裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审，或者在查清事实后改判。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第三百二十五条：该条款进一步明确了必须参加诉讼的当事人或者有独立请求权的第三人在第一审程序中未参加诉讼的处理方式。在第二审程序中，如果法院发现存在这种情况，可以根据当事人自愿的原则进行调解；如果调解不成，则应当发回重审。
综上所述，当发现部分被告人不合格时，法院会根据具体情况采取相应的处理措施，以确保诉讼的公正性、合法性和效率性。