超过诉讼时效的抗辩，通常应当在一审期间，特别是法庭辩论终结前提出。以下是关于这一问题的详细分析：
一、诉讼时效抗辩的提出时机
一审期间：
- 根据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第三条，当事人在一审期间未提出诉讼时效抗辩，在二审期间提出的，人民法院不予支持，除非其基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间。
- 这意味着，为了保障诉讼程序的稳定性和效率，诉讼时效抗辩应在一审期间，特别是法庭辩论终结前提出。这是当事人行使诉讼时效抗辩权的主要时机。
二审及再审期间：
- 在二审期间提出诉讼时效抗辩，除非有新的证据证明对方请求权已过诉讼时效，否则法院将不予支持。
- 当事人未按照规定提出诉讼时效抗辩，以诉讼时效期间届满为由申请再审或者提出再审抗辩的，人民法院同样不予支持。
二、逾期提出诉讼时效抗辩的后果
- 如果当事人在一审期间未提出诉讼时效抗辩，而在后续程序（如二审或再审）中提出，且没有新证据支持，法院将不会采纳该抗辩理由。
- 这可能导致当事人丧失利用诉讼时效制度保护自身权益的机会，因为一旦法院确认诉讼时效期间已届满且义务人提出了有效的抗辩，权利人虽仍享有实体权利，但将丧失胜诉权。
三、特殊情况下的处理
- 在某些特殊情况下，如当事人基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间，即使在二审期间提出诉讼时效抗辩，法院也可能予以支持。但这种情况较为罕见，且需要满足严格的条件。
- 另外，如果诉讼时效期间的最后六个月内因不可抗力等障碍导致权利人不能行使请求权的，诉讼时效中止。此时，义务人不得仅以诉讼时效期间届满为由进行抗辩。
四、实际操作建议
- 及时提出抗辩：当事人应充分重视诉讼时效抗辩的提出时机，确保在一审期间，特别是法庭辩论终结前适时提出。
- 准备充分证据：如果因特殊原因未能在一审提出抗辩，应努力寻找并准备新的证据，以在二审期间争取法院的支持。但需注意，这种情况的成功率较低且条件严格。
- 避免再审期间提出：尽量避免在再审期间才提出诉讼时效抗辩，以免丧失提出抗辩的权利。
总结来说，超过诉讼时效的抗辩应当在一审期间，特别是法庭辩论终结前提出。这是当事人行使诉讼时效抗辩权的主要时机，也是保障自身权益的关键步骤。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。