结论前置：未发货情况下扣除违约金是否合法，需根据合同约定及法律规定综合判断。若合同明确约定了未发货时的违约金条款，且该条款不违反法律强制性规定，则扣除违约金可能是合法的；反之，则可能不合法。
详细分析：
合同约定优先：
- 在合同纠纷中，合同是双方权利义务的基础。如果货物买卖合同中明确约定了，在卖方未发货的情况下，买方有权扣除一定比例的违约金，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么这种扣除违约金的行为就是合法的。
- 例如，合同中可能规定：“若卖方未在约定时间内发货，买方有权扣除合同总价款的10%作为违约金。”在此情况下，若卖方确实未发货，买方扣除违约金的行为就是依据合同约定进行的，合法有效。
法律规定限制：
- 即使合同中有违约金条款，该条款也必须符合法律的规定。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
- 这意味着，如果合同中约定的违约金过高，超出了实际损失的合理范围，那么卖方可以请求法院或仲裁机构对违约金进行调整，以减少其不应承担的损失。
未发货的具体原因：
- 还需要考虑未发货的具体原因。如果是因为卖方的原因（如生产延误、供应链问题等）导致未发货，那么买方扣除违约金的行为可能更加合理合法。
- 但如果是因为不可抗力（如自然灾害、政府行为等）或买方自身原因（如变更订单、未按时支付货款等）导致未发货，那么卖方可能不需要承担违约责任，买方扣除违约金的行为就可能不合法。
法律建议：
- 对于买方而言，在签订合同时，应明确约定未发货时的违约金条款，并确保该条款合法有效。在卖方未发货时，应依据合同约定和法律规定来行使权利，避免过度扣除违约金或采取其他不当行为。
- 对于卖方而言，应严格遵守合同约定，按时发货。如果因特殊原因无法按时发货，应及时与买方沟通并协商解决方案。如果买方扣除的违约金过高或不合理，可以寻求法律途径进行维权。
可能后果：
- 如果买方扣除违约金的行为合法有效，那么卖方需要承担相应的违约责任，并可能面临经济损失。
- 如果买方扣除违约金的行为不合法或不合理，那么卖方可以通过法律途径进行维权，要求买方返还多扣除的违约金或承担其他法律责任。
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