结论：个体工商户的员工出国旅游，单位开具在职证明后，该员工非法滞留，一般情况下对单位本身不会产生直接的法律责任或处罚，但可能间接影响单位的信誉和后续签证申请等事务。以下从多个角度进行详细分析：

1. 法律责任角度：

   • 单位责任：从法律层面讲，单位为员工开具在职证明，仅是证明员工与单位之间的劳动关系及员工在职状态，并不涉及员工出国后的行为。因此，员工非法滞留，单位通常不会因此承担直接的法律责任。
   • 员工责任：员工非法滞留，则可能面临被目的地国家移民局处罚、遣返等后果，并可能影响其未来再次申请该国签证或入境。但这些后果均由员工个人承担，与单位无关。

2. 信誉影响角度：

   • 单位信誉：虽然单位不直接承担法律责任，但员工非法滞留可能间接影响单位的信誉。例如，如果单位频繁出现员工非法滞留的情况，可能被视为单位管理不善或员工素质不高，从而影响单位与其他企业或机构的合作与交流。
   • 行业声誉：在特定行业或领域，如果单位员工非法滞留成为普遍现象，还可能对整个行业的声誉造成负面影响。

3. 后续签证申请角度：

   • 签证申请：如果单位未来需要为员工或其他人员申请签证，特别是前往该员工非法滞留的国家，可能会受到一定影响。因为签证官在审核签证申请时，会考虑申请人的历史记录、单位信誉等因素。员工非法滞留的记录可能成为签证官拒绝签证申请的理由之一。

4. 建议与措施：

   • 加强管理：单位应加强对员工出国旅游的管理，明确告知员工出国旅游的相关规定和注意事项，包括遵守目的地国家的法律法规、按时回国等。
   • 建立机制：单位可以建立员工出国旅游备案机制，要求员工在出国前向单位报备行程、住宿等信息，以便单位在必要时提供协助或支持。
   • 法律咨询：如果单位对员工出国旅游的相关法律问题存在疑虑或不确定，可以咨询专业律师或相关机构，以获取更准确、全面的法律建议。

总结：个体工商户的员工出国旅游，单位开具在职证明后，该员工非法滞留，单位通常不会因此承担直接的法律责任。但单位应关注员工非法滞留可能带来的间接影响，如信誉受损、后续签证申请受阻等，并采取相应措施加强管理和预防。如有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。