如果发现自己的身份被冒名顶替注册了营业执照，这确实是一个需要严肃对待的问题。为了有效维护您的合法权益，并确保问题得到妥善解决，您可以按照以下步骤来操作：
一、迅速收集证据
身份信息证明：整理并收集您的身份证、户口本等官方证件，这些材料能够清晰证明被冒用的身份是您本人。
不知情证明：寻找并保存能表明您对注册营业执照一事并不知情的证据。这可能包括您在注册时间段内的出行记录（如机票、火车票）、不在注册现场的监控视频，以及笔迹鉴定等证明您未曾签署相关文件的材料。
营业执照相关证据：通过国家企业信用信息公示系统查询或到当地工商行政管理部门申请调取，获取被冒用注册的营业执照副本照片、工商登记档案资料等关键信息。
二、向市场监督管理部门（工商局）反映情况并申请撤销登记
提交书面申请：携带您的有效身份证件及上述收集的证据，前往营业执照登记机关提交撤销冒用身份登记的书面申请。在申请书中，详细阐述被冒用身份注册的具体情况，包括发现时间、可能的原因及对您造成的影响等。
配合调查：市场监管部门在收到申请后，会展开调查。在此期间，您应积极配合调查工作，提供所需补充材料，并对相关情况进行如实说明。
三、报警处理
冒用他人身份注册营业执照属于违法行为，您应向当地公安机关报案。报案时，提供尽可能详尽的信息和证据，以便警方迅速开展调查，并采取相应措施。
四、考虑法律途径
行政复议：若对市场监管部门的处理结果不满，您可在知道具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请。撰写行政复议申请书，明确请求和理由，并附上相关证据材料，递交给作出撤销登记决定的上一级市场监管部门或本级人民政府。
行政诉讼：若对行政复议结果仍不服，或市场监管部门在规定期限内未作出处理决定，您可在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起行政诉讼；若选择直接提起行政诉讼，则应在知道或应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。
追究冒用者法律责任：根据《中华人民共和国民法典》，您有权要求冒用者停止侵害、消除影响，并赔偿因此造成的损失。若冒用者的行为涉嫌犯罪，如构成诈骗罪、虚假注册罪等，您应向公安机关报案，由司法机关依法追究其刑事责任。
五、防范类似事件再次发生
加强个人信息保护：不随意泄露个人身份信息，特别是在网络上要谨慎行事。定期检查自己的信用记录和工商注册信息，及时发现并处理问题。
关注税务情况：向当地税务部门说明情况，提供身份证被冒用的证据，请求其核实情况并采取相应措施，以避免您被纳入税务失信名单等风险。
综上所述，发现身份被冒用注册营业执照时，您应迅速采取行动，通过收集证据、向相关部门举报、报警及寻求法律帮助等途径来维护自己的合法权益。同时，加强个人信息保护意识，防止类似事件再次发生。希望这些建议能对您有所帮助。