在两人共同涉及的刑事案件中，若其中一人在逃，司法机关会采取以下处理方式：

1. 对在逃人员的处理

• 通缉与追捕：公安机关会依法对在逃人员发布通缉令，通过全国公安信息网络、媒体发布等方式进行追捕，同时协调国际刑警组织等国际机构进行跨国追逃。
• 刑事责任追究：在逃人员到案后，司法机关会依据其犯罪事实、情节及在共同犯罪中的作用，依法追究其刑事责任。若在逃期间又犯新罪，将实行数罪并罚。
• 量刑考量：在逃行为本身不直接决定量刑，但可能作为从重处罚的情节之一（如逃避侦查、审判等），具体需结合犯罪性质、社会危害性等因素综合判断。

1. 对已到案人员的处理

• 独立审判原则：已到案人员的刑事责任会独立评价，不会因另一人未到案而中止或延迟审判。司法机关会依据现有证据（如同案犯供述、物证、证人证言等）认定其犯罪事实。
• 证据规则适用：若已到案人员提出“另一人未到案导致证据不足”的抗辩，司法机关会严格审查证据链条的完整性。若证据确实、充分，仍可定罪处罚；若证据不足，则依法作出无罪或证据不足的判决。
• 立功情节认定：若已到案人员协助抓捕在逃人员，可能构成立功表现，依法可从轻或减轻处罚。

1. 特殊情形处理

• 分案审理：若两人犯罪事实关联性较弱，或为提高诉讼效率，司法机关可能对已到案人员先行审理、判决，待在逃人员到案后再行审理其案件。
• 中止审理情形：仅在极特殊情况下（如已到案人员死亡、丧失诉讼行为能力等），才会中止审理；在逃人员未到案不属于法定中止事由。

温馨提示：刑事案件的处理需严格遵循法定程序，若您或您身边的人涉及此类问题，建议及时委托专业律师介入，通过会见、阅卷、调查取证等方式最大限度维护合法权益。如有具体案件细节需要分析，可直接向我提问。