结论：凌晨因天气原因闯人行道红灯，一般情况下仍然可能会被扣分，但具体是否扣分需结合实际情况判断，如是否存在不可抗力等特殊情形。以下从多个角度进行分析：

1. 交通法规的普遍适用性：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，行人、乘车人、非机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者五元以上五十元以下罚款；非机动车驾驶人拒绝接受罚款处罚的，可以扣留其非机动车。虽然该条款主要针对的是非机动车和行人，但机动车闯红灯同样违反了交通信号灯的规定，会受到相应的处罚，包括扣分和罚款。
   • 交通法规的适用并不因时间（如凌晨）或天气原因而有所改变。无论何时何地，只要违反了交通信号灯的规定，就可能面临处罚。

2. 天气原因的考量：

   • 天气原因（如大雾、暴雨等）可能导致视线不清或能见度低，但这并不构成闯红灯的合法理由。驾驶人在恶劣天气条件下应更加谨慎驾驶，提前减速慢行，确保安全通过路口。
   • 如果因天气原因确实无法看清交通信号灯，且已采取合理措施（如减速、观察等）仍无法避免闯红灯的，可以向交通管理部门提出申诉，但申诉是否成功需根据具体情况判断。

3. 特殊情形的处理：

   • 在某些特殊情况下，如因不可抗力（如自然灾害、突发事件等）导致闯红灯的，可能不会被扣分或罚款。但这种情况需要严格的证据支持，且需由交通管理部门进行认定。
   • 如果驾驶人因紧急情况（如抢救伤员、避让执行紧急任务的车辆等）而闯红灯的，也可以向交通管理部门说明情况，并提供相关证据，申请免于处罚。

4. 实际执法中的灵活性：

   • 在实际执法过程中，交通管理部门可能会根据具体情况（如天气、路况、驾驶人行为等）进行一定的灵活处理。但这并不意味着可以随意违反交通法规而不受处罚。
   • 如果驾驶人因天气原因闯红灯被拍照或录像取证，且没有合理的解释或证据支持其免于处罚的，那么很可能会面临扣分和罚款的处罚。

建议：

• 无论何时何地驾驶，都应严格遵守交通法规，确保安全驾驶。
• 在恶劣天气条件下驾驶时，应提前了解路况信息，做好应对措施，如减速慢行、开启雾灯等。
• 如果因特殊原因确实需要闯红灯的，应提前向交通管理部门说明情况，并提供相关证据申请免于处罚。但这种情况应尽量避免发生，以确保道路交通安全。

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